標簽抗體，別名為抗原表位，又稱抗原決定簇，是抗原分子中決定抗原特異性的特殊區域或基團，是與抗體特異性結合的結構或序列。隨著生物技術的發展，科研人員可以通過DNA重組技術，構建包含目的基因以及表位標記的融合蛋白，進而通過特異性標簽抗體對其鑒定與純化，以達到研究的需求。常用的標簽包括myc、HA、Flag、His、GST等。
1. Flag標簽—抗Flag標簽抗體
Flag標簽系統是利用一個短的親水性八氨基酸肽(DYKDDDDK)融合到目標蛋白。Flag標簽可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于各種細胞類型，包括細菌、酵母和哺乳動物細胞等，相應的Flag標簽抗體也被廣泛應用。由于Flag標簽系統的純化條件是非變性的，因此可以純化所有有活性的融合蛋白。Flag標簽可以通過加入腸激酶處理去除，腸激酶專一識別該肽序列C末端的5個氨基酸殘基。Flag抗體可以用于檢測和Flag標簽融合表達蛋白的表達、定位，以及純化、定性或定量檢測Flag融合表達蛋白等。
2. His標簽—抗His標簽抗體
His標簽是由6個組氨酸(His-His-His-His-His-His)組成的短肽,專門設計用于重組蛋白質的吸附純化。由于分子量較小，并且較容易分離和純化，His融合標簽與其他標簽相比有很多明顯優勢，是目前用于純化的融合標簽中使用的一種。利用 His標簽可以建立一個基于融合蛋白的檢測和純化系統。His抗體可以用于檢測和His標簽融合表達蛋白的表達、定位，以及純化、定性或定量檢測His融合表達蛋白等。
3. GST標簽—抗GST標簽抗體
GST標簽體系具有蛋白表達產率高、表達產物純化方便，以及利于GST抗體制備等特點。GST融合蛋白在水溶液中可溶，可從細菌裂解液中提取，在不變性的條件下通過親和層析得到。GST融合蛋白可被位點特異性蛋白酶裂解，從而除去GST蛋白。融合蛋白又是一個非常好的強免疫原，因此，很容易制備抗新蛋白的抗體。正是由于以上的優點，商品化的GST融合蛋白表達體系以及GST標簽抗體系統至今仍被廣泛應用。近年來在原核表達體系中，谷胱甘肽S轉移酶GST表達純化系統的應用更為普遍。
4. Myc標簽—抗Myc標簽抗體
Myc標簽(序列為:EQKLISEEDL)在WB雜交技術、免疫沉淀IP和流式細胞術中均得到成功運用，可用于檢測重組蛋白在細菌、酵母、昆蟲細胞和哺乳細胞中的表達情況。Myc重組蛋白質可通過偶聯Myc標簽抗體到活化的瓊脂糖上而進行親和純化。Myc標簽可放在C端或N端，但Myc重組蛋白的低pH洗脫條件往往會降低蛋白質的活力，因此Myc標簽系統廣泛應用于檢測但很少用于純化。
5. HA標簽—抗HA標簽抗體
HA標簽來源于人類流感血凝素的98-106位氨基酸，利用一個HA (influenza hemagglutinin epitope: YPYDVPDYA)短肽融合到目標蛋白。HA標簽具很強的免疫反應性，被廣泛用于HA融合目的蛋白的分離、純化、檢測和示蹤。重組的HA標簽蛋白可以使用偶聯有HA高特異性單克隆抗體的樹脂來完成純化。HA標簽系統HA標簽可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于多種細胞類型，相應的HA標簽抗體也被廣泛應用，HA標簽抗體能特異識別C末端或N末端帶有HA標簽(HA-tagged)的融合蛋白。
6. GFP標簽—抗GFP標簽抗體
綠色螢光蛋白(Green Fluorescent Protein)，簡稱GFP，在藍色波長范圍的光線激發下會發出綠色螢光。GFP或其突變體EGFP等被廣泛用于基因表達效率的檢測，以及和目的蛋白融合表達用于檢測目的蛋白的表達和分布。一般來說，GFP抗體不僅可以檢測GFP或其適當的突變體，也可以檢測和GFP或其適當的突變體融合表達蛋白的表達、定位，以及純化、定性或定量檢測GFP融合表達蛋白等。
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