為防止檢測器被污染，便攜快速色譜儀的溫度設置不應底于色譜柱實際工作的標準溫度，一旦檢測器被污染，輕則靈敏度下降或噪聲增大，重則點不著火。消除污染的辦法是清洗，主要是清洗噴嘴表面和氣路管道。具體辦法是拆下噴嘴，依次用不同的溶劑浸泡，并在超聲波水浴中超聲10分鐘以上。還可用細不銹鋼絲穿過噴嘴中間的孔，或用酒精燈燒掉噴嘴內的油狀物，以達到*清洗的目的。有時使用時間長了，噴嘴表面會積碳，這會影響靈敏度。可用細紗紙輕輕打磨表面除去。清洗之后將噴嘴烘干，再裝在檢測器是進行測定。
FID是用氫氣和空氣燃燒所產生的火焰使被測物質離子化的，故應注意安全問題。在未接色譜柱時，不要打開氫氣閥門，以免氫氣進入柱箱。測定流量時，一定不能讓氫氣和空氣混合，即測氫氣時，要關閉空氣，反之亦然。無論什么原因導致火焰熄滅時，應盡快關閉氫氣閥門，直到排除了故障，重新點火時，再打開氫氣閥門。儀器有自動檢測和保護功能，火焰熄滅時可自動關閉氫氣。
1.避免SiO2進入檢測器，色譜柱要很好的老化，尤其硅氧烷類固定液，其液膜要薄。還要避免衍生化后樣品中有SiO2殘留進入色譜柱。
2.在滿足靈敏度要求的條件下，盡可能用低的熱離子源電壓。
3.關閉載氣前，應將熱離子源的電壓調為0，否則沒有載氣通過，會在幾分鐘內燒毀。
4.便攜快速色譜儀存放要避免潮濕，當儀器不用時，需要保持檢測器溫度在100以上。
5.如果一段時間不進樣分析，就應該降低熱離子源電壓，但不要關閉。因為減低電壓后銣鹽珠仍是熱的，再進樣時升高電壓很快就能穩定。如果關閉后再通電壓，則檢測器需要幾小時的平衡時間。
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