MBR是否屬于微濾膜是根據可以通過的顆粒物粒徑來進行定義的；所以，對于MBR膜而言堵塞問題是非常關鍵的，在處理一些易結垢、含油類物質和粘稠性物質比較多的廢水的時候；在MBR膜組件設計的時候應考慮以下三個要素。

MBR膜組件設計應考慮因素1：膜片豎向和橫向裝是都可以的，具體取決于安裝空間；橫向裝時，膜絲保持微微下垂，下垂幅度保持在10mm，即在保證膜絲不受拉力前提下，盡量直，這樣膜絲和膜絲之間就不會有太多的雜物。

MBR膜組件設計應考慮因素2：MBR膜組件不能做的太大，因為MBR膜組件太大的話，其安裝密度就會很大，在膜片上積累很多包裹物的時候，是需要對膜片進行噴洗處理的，用高壓水槍或自來水，安裝太密集的話，內層膜片很難沖洗到，所以，建議單個MBR膜組件處理量不要超過15m3/hr。

MBR膜組件設計應考慮因素3：把膜片進行拼裝形成一個MBR膜組件，需要特別注意的是，膜片與膜片之間要保持一個足夠大的間距，有效距離要大于100mm(軸心距要大于140mm)，如果膜片本身膜絲密度比較大的話，那么，有效間距要適當放寬，這樣做的目的是保持沖洗氣流可以順暢到達頂部膜絲，也可以減少膜絲之間的板結和截留物，減少MBR膜組件的清洗頻率；如果是平板膜的話，其間距只需要在60—80mm范圍內就可以了；太大的間距會占用太大的空間。