1、溶解氧

在好氧生物反應中，保持混合物中一定濃度的溶解氧是關鍵。兼性菌和好氧菌在環境中的溶解氧高于0.3mg/l時都會進行好氧呼吸；當低于0.2-0.3mg/l接近零時，兼性菌就會轉入厭氧呼吸，大部分好氧菌基本上會停止呼吸，而有一部分好氧菌(大多數是絲狀菌)也會生長良好，在工業廢水處理系統占優后，會使污泥膨脹。一般而言，曝氣池出口的溶氧量應以2mg/l左右為宜，過高則會增加能耗，經濟性差。

2、溫度

在高溫(50℃~70℃)和低溫(-5~0℃)環境中，溫度對微生物的影響非常廣泛，但大多數微生物在20~30℃的溫度范圍內適合生長。因此，在工業廢水處理過程中溫度應保持在20~30℃。當溫度適宜時，微生物的生理活性較強，其活性隨溫度升高而增強，處理效果也較好。超過這個限度，微生物的活性變差，生物反應過程將受到影響。一般而言，反應過程控制的最高限值和zui低限值分別為35℃和10℃。