反滲透系統是中小型全自動超純水處理設備不能缺少的一個重要環節，但是反滲透系統也存在著一個隱患，就是就是反滲透膜表面極易被溶質或其他截留物質形成濃差極化，從而影響水處理設備出水水質，除了考慮中小型全自動超純水處理設備的工藝設計外，還得在設備運行中采取改善對策。

1、增高流速法

首先可以采用化工上常用的增加騷動的措施。也就是設法加大流體流過膜面的線速度。減少流體停留的時間，增加中小型全自動超純水處理設備中流體的速度來減小溶質的吸附時間，流速增大溶質不易吸附。

2、填料法

如將29~100um的小球放入被處理的液體中，令其共同流經反滲透系統以減小膜邊界層的厚度而增大透過速度。小球的材質可用玻璃或甲基丙烯酸甲酯制作，此外對管式反滲透系統來說，也可向進料液中填加微型海綿球，不過，對板框式和螺旋卷式膜組件而言，加填料的方法是不適宜的，主要是因為有將流道堵塞的危險。

3、脈沖法

在水處理設備流程中增設一脈沖發生裝置，脈沖振幅和頻率不同，一般振幅越大或頻率越高，透過的流速也越大。在所有測試裝置中廣泛應用攪拌器，經驗表明傳質系數與攪拌器的轉數成直線關系。

4、裝設湍流促進器

湍流促進器是指可強化流態的多種障礙物，例如對管式組件而言，內部安裝螺旋擋板。對板式或卷式的膜組件可內襯網柵等物以促進湍流，這種湍流促進器效果非常好。

5、加分散阻垢劑

為了防止水處理設備中反滲透膜結垢，加入硫酸或鹽酸調節PH值，但是由于酸系統腐蝕和泄露讓操作者感到麻煩，因此一般加入分散阻垢劑維持水處理系統正常運行。