一體化污水處理設備中活性污泥馴化過程一共分為四個階段，具體如下：
向氧化溝反應池進水并啟動水下推流器。持續進水到氧化溝中水位達到設計有效水深的1/3時，將接種污泥均勻地投入到氧化溝反應池中，采用鼓風曝氣系統開始曝氣，同時連續進水至氧化溝反應池中水位達到設計運行水位(采用轉刷或轉碟曝氣系統,在此時開始曝氣)，在污泥接種完成后的持續進水過程中逐步增加曝氣量至曝氣量達到最大。氧化溝水位達到設計運行水位后，持續進水至二沉池中。當二沉池進水2小時后啟動沉淀池刮泥機和污泥回流泵，使在二沉池中沉淀的活性污泥在污泥馴化初期能快速地被收集，并回流到生物處理池中。污泥回流率應通過觀察回流污泥情況進行調整，一般情況下污泥回流比，應控制在50~100%之間。當二沉池達到正常運行水位，應觀察活性污泥狀況，控制進水，直到出現模糊不清的絮狀物，這時可適當進水，換水以補充營養物，換水量可控制在氧化溝池容的25%再重復上述操作。當二沉池開始溢流時，啟動后續污水處理工藝，如消毒工藝。在生物處理池水位達到正常運行水位后應隨時監控氧化溝中溶解氧(DO)濃度值(通過溶解氧測定儀)，以判斷曝氣量是否足夠，并作出相應調整。在活性污泥馴化過程中，溶解氧的濃度應能滿足以下三方面可能發生的情況下：a)進水和回流污泥中溶解氧濃度較低;需要較多充氧量；b)進水缺氧，需要有足夠的溶解氧將其快速改變成充氧環境；c)當污水中營養物質豐富，需要大量的溶解氧來滿足微生物的生長。在污泥馴化的過程中，溶解氧的濃度應確保氧化溝出水口處溶解氧濃度不小于1.0mg/L。在活性污泥馴化的第一階段中，由于活性污泥的濃度較低，在曝氣的過程中可能會產生大量的泡沫，在實際操作過程中，采取相應的處理措施，如采用噴灑水滴等措施來去除泡沫。
污泥馴化工作進入第二階段后，監控溶解氧的同時，應開始監測活性污泥的30分鐘沉降比(SV)和營養物質參數。在進行監測活性污泥沉降比的過程中可以發現在此階段的前幾天泥水混合物的顏色幾乎同進水的顏色相同，隨著曝氣時間的增加，泥水混合物的顆粒變大，沉降性能變好，并且顏色逐漸變為黑褐色。在此階段中活性污泥沉降比可達到20%。檢測營養物質的目的是為微生物的生長提供條件，在活性污泥馴化的過程中營養物質的參數BOD：N：P應控制在100：5：1左右，若不能達到此參數應投加營養物質進行調節。
活性污泥馴化工作進入第三階段后，活性污泥馴化工作基本完成。在此階段中，應嚴格按照樣表3-1中所列分析計劃，對泥水混合物的關鍵參數進行監測、分析和控制，并保存相關數據供系統正常運行參考。當活性污泥濃度值達到規定范圍并相對穩定時，可以認為活性污泥馴化工作基本完成。污水經生化和沉淀處理后，出水SS應達標。在該階段過程中應根據實際操作情況進行剩余污泥排放。
該階段的目的是記錄運行參數，即活性污泥30分鐘沉降比(SV)、生物鏡檢、污泥回流比和剩余污泥排放量等關鍵控制參數。為系統的正常運行提供參考。當進水濃度較低、污泥生長情況較差的情況下應增加污泥回流比，同時當污泥膨脹等情況發生時應減小污泥回流比。在污泥馴化的該階段和以后系統正常運行的過程中應嚴格控制污泥回流比，如果沒有保證污泥回流比，可能會出現以下現象：沒有足夠的活性污泥來處理污染物。這種情況通常出現在系統啟動的前一到兩個星期;若污泥回流比較小，導致污泥在沉淀池中停留時間較長，污泥在二沉池中發生厭氧反應，可能會出現上浮和臭味;污泥在二沉池中形成較厚的泥層，可能導致出水懸浮固體濃度較高;當有足夠的溶解氧濃度的情況下，活性污泥在生物處理池中將產生硝化反應，可能會導致沉淀池中發生反硝化反應導致污泥量增加。污泥馴化的第四階段結束后及污泥馴化工作完成后，活性污泥各運行參數都應在設計控制范圍內并相對穩定。
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