黑木耳和綠色植物的不同點是沒有特殊的吸水器官和蒸騰器官，不過根據黑木耳的生長環境和形態變化，可以發現兩種生理現象，其一，黑木耳必須從環境中吸收水分；其二，要消耗大量的水分保持黑木耳和外界的，保持細胞中水分的平衡和營養物質的運轉，促進黑木耳的生長發育。
1、黑木耳的含水量
黑木耳菌絲體的含水量一般達70～80%，子實體的含水量一般達80～90%，有時甚至達90%以上，當然并不是固定不變的，即使在同一環境中，同一種不同的品種，不同的品系，以及不同的發育階段，它們的含水量也有所變化。
2、水分在黑木耳中的生理功能
水分是黑木耳生命活動的首要條件，黑木耳的一切正常的生命活動都需要在水分相當充足的狀態下進行，其含水量的變化直接影響著黑木耳的生理活動，水是黑木耳生命活動中*的物質，它的作用是多方面的，如果菌體細胞缺乏水分將會引起菌絲體的蜷縮和子實體的凋萎，使整個機體的生理活動受到阻礙，甚至停止，因此失去了生存的能力。
3、黑木耳的需水量
水在黑木耳的整個生育過程中起著很重要的作用，從菌絲體的生長直到子實體成熟需要大量的水，同時也在不斷地散發水分，試驗推測，每生產1㎏木耳，大約需要2㎏的水。黑木耳對水分的吸收主要通過菌體全部的表面細胞，從外界環境吸收水分和營養物質來保持其菌體細胞的水分平衡，細胞的吸水包括膠體吸水、滲透性吸水和非滲透性吸水。影響黑木耳吸水的因素主要有溫度、通氣量和水質等，溫度包括培養料的溫度和栽培場所的溫度，兩者會互相影響，但培養料的溫度對吸水影響更大。黑木耳是好氣性真菌，生活環境的通氣狀況與黑木耳細胞的吸水有密切關系。通氣良好的環境能促進菌絲體的生長和子實體的發育；通氣不良將引起菌絲生長停滯，子實體不易分化和縮小。在實際生產中，固體培養料太濕，黑木耳菌絲生長停留在表層，不易深入蔓延，其實并非是因為培養基（料）水份過多，而是由于培養基（料）內部的通氣性差，防礙了菌絲細胞吸水的原故。水質是指水中礦物質的成份和含量，栽培黑木耳宜用自來水，山間的清水和干凈的河水。海水、石炭巖流出的水、鹽堿土壤里滲出的水以及銹水田里的水，往往含有大量的礦物質，或是含有對黑木耳有毒害的物質，采用這種水質配制培養基或噴灑正在生長的子實體，會造成培養基（料）中的礦物質濃度過高引起菌絲細胞內滲透壓下降，使細胞內的水份往外滲出，導致菌絲生長，子實體的發生很少并縮小，有的由于中毒引起子實體畸形和腐爛。
黑木耳的水份散失主要靠蒸騰作用，黑木耳沒有特殊的排水器官，水分是通過菌絲和子實體的表面細胞逸散體外。黑木耳在菌絲生長階段也有水分的散失，但主要是依靠子實體表面細胞的蒸騰作用，促進了菌絲的吸水和體內水份的運轉。黑木耳蒸騰作用的結果，使整個菌體的代謝活動處于運動狀態。首先由于蒸騰作用增強了菌體細胞的吸水，其次蒸騰引起水份在菌體各部位的運轉，維持了機體各部位細胞水份達到的飽和狀態，這就保持了原生質膠體的正常狀態。可見蒸騰作用對黑木耳的生命活動具有十分重要的意義。但是過量的蒸騰作用卻是有害的，水份的大量散失，細胞吸水供不應求，細胞內的水份平衡受到破壞，使菌絲處于生理干旱的狀態，這種不正常的生理狀態如持續比較長的時間，將會引起菌體蜷縮而死亡。
水份代謝對黑木耳生產的意義
黑木耳體內細胞水份與外界環境的水份交換，保持了細胞內的水份平衡，同時也加速了對營養物質的吸收和積累，有利于黑木耳的生長發育和提高子實體的產量。實際栽培時，接種之前培養料有足夠的含水量，在培養料的營養物質相當充足的條件下，菌絲體生長旺盛，吸收作用增強，同時消耗大量的水份，增強了菌絲細胞的吸水能力，因而造成培養料含水量的減少，一旦含水量降低，進入培養料的空氣就增多，又加速了培養料水份的蒸發，此時，雖然限制了對營養物質的吸收和利用，但是細胞的吸水力卻增大了，因此應多噴灑水以濕潤培養料。噴水量越多（注意：噴水不能超過培養料的zui適含水量）子實體的發生量就越多，同時隨著子實體的長大，水分的散發量也越大，故應隨時補充水份，因此，及時補充適宜的水份是促進子實體發育和提高子實體產量的重要措施。
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