取樣是指在一定質量或數量的產品中，取一個或多個代表性樣品，用于感官、微生物和理化檢驗的全過程。
首先，在取樣之前應確認貨、證是否相符。其次，取樣工具要達到無菌的要求，對取樣工具和一些試劑材料應提前準備、滅菌。如果使用不合適的采集工具，可能會破壞樣品的完整性，甚至使樣品采集毫無意義。應根據不同的樣品特征和取樣環境，對取樣物品和試劑進行事先準備和滅菌等操作。
1.包裝食品
對于直接食用的小包裝食品，盡可能取原包裝，直到檢驗前不要開封，以防污染。對于桶裝或大容器包裝的液體食品，取樣前應搖動或用滅菌棒攪拌液體，盡量使其達到均質；取樣時應先將取樣用具浸入液體內略加漂洗，然后再取所需量的樣品，裝入滅菌容器的量不應超過其容量的3/4，以便于檢驗前將樣品搖勻；取完樣品后，應用消毒的溫度計插入液體內測量食品的溫度，并作記錄。盡可能不用水銀溫度計測量，以防溫度計破碎后水銀污染食品；如為非冷藏易腐食品，應迅速將所取樣品冷卻至0～4℃。對于大塊的桶裝或大容器包裝的冷凍食品，應從幾個不同部位用滅菌工具取樣，使樣品具有充分的代表性；
在將樣品送達實驗室前，要始終保持樣品處于冷凍狀態樣品一旦融化，不可使其再凍，保持冷卻即可。
2.生產過程中的取樣
劃分檢驗批次，應注意同批產品質量的均一性；如用固定在貯液桶或流水作業線上的取樣龍頭取樣時，應事先將龍頭消毒；當用自動取樣器取不需要冷卻的粉狀或固體食品時，必須履行相應的管理辦法，保證產品的代表性不被人為地破壞。
3.液體產品
通常情況下，液態產品較容易獲得代表性樣品。液態產品一般盛放在大罐中，取樣時，可連續或間歇攪拌，對于較小的容器，可在取樣前將液體上下顛倒，使其*混勻。較大的樣品(100~500ml)要放在已滅菌的容器中送往實驗室，實驗室在取樣檢測之前應將液體再*混勻一次。
4.固體樣品
固態樣品常用的取樣工具有滅菌的解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸子和鉗子等。面粉或奶粉等易于混勻的食品，其成品質量均勻、穩定，可以抽取小樣品檢測(如100g)。但散裝樣品就必須從多個點取樣，且每個樣品都要單獨處理，在檢測前*混勻，并從中取一份樣品進行檢測。肉類、魚類的食品既要在表皮取樣又要在深層取樣。
深層取樣時要小心不要被表面污染。有些食品，如鮮肉或熟肉可用滅菌的解剖刀或鉗子取樣；冷凍食品可在未解凍的狀態下可用鋸子、木鉆或電鉆(一般斜角鉆入)等獲取深層取樣樣品；全蛋粉等粉末狀樣品取樣時，可用滅菌的取樣器斜角插入箱底，樣品填滿取樣器后提出箱外，再用滅菌小勺從上、中、下部位取樣。
5.表面取樣
通過惰性載體可以將表面樣品上的微生物轉移到合適的培養基中進行微生物檢驗，這種惰性載體既不能引起微生物死亡，也不應使其增殖。這樣的載體包括清水、拭子、膠帶等。
取樣后，要使微生物長期保存在載體上，既不死亡又不增殖十分困難，所以應盡早地將微生物轉接到適當的培養基中。轉移前耽誤的時間越長，品質評價的可靠性就越差。表面取樣技術只能直接轉移菌體，不能做系列稀釋，只有在菌體數量較多時才適用。其優點是檢測時不破壞樣品。
6.空氣樣品的采取
空氣的取樣方法有直接沉降法和過濾法。在檢驗空氣中細菌含量的各種沉降法中，平皿法是最早的方法之一，到目前為止，這種方法在判斷空氣中浮游微生物分次自沉現象方面仍具有一定的意義。過濾法是使定量的空氣通過吸收劑，然后將吸收劑培養，計算出菌落數。
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