制備色譜是指采用色譜技術制備純物質，即分離、收集一種或多種色譜純物質。制備色譜中的“制備”這一概念指獲得足夠量的單一化合物，以滿足研究和其它用途。制備色譜的出現，使色譜技術與經濟利益建立了聯系。制備量大小和成本高低是制備色譜的兩個重要指標。其中，氣相制備色譜主要用于石油化工產品和揮發性天然產物的色譜純樣品制備。
1、分析色譜的目的
分析出混合物中一個（或者幾個）純物質的含量。制備色譜的目的，是從混合物中得到純物質。為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。然而，當色譜柱上樣品負載加大的時候，往往導致柱效急劇下降而得不到純的產品。制備色譜，要解決容量與柱子效果之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說。制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，要盡可能多的得到產品。
2、樣品的前處理
制備色譜柱子由于處理的樣品多，比分析柱子更容易受污染，所以，必要的前處理就顯得非常的必要。萃取、過濾、結晶、固相萃取等簡單的分離方法，如果用得上，而且還不是很麻煩，就要盡可能多的采用以去掉雜質。
3、制備色譜柱的材質及其特點
各種規格的玻璃柱子在實驗室里頭很容易得到，而且價格低廉，但玻璃柱子致命的弱點是它能承受的壓力很小，且非常容易破碎。當由于壓力太小而導致流動相流速很慢的時候，高位液面或加高壓空氣（或者氮氣）的采用是一個簡單的解決辦法。在底下加真空，也能在一定程度上解決這個問題。
不銹鋼柱子具有良好的耐腐蝕、抗壓力性能，但其價格相對很貴。如果，只有很小的分離的任務且經費也允許，市面上直徑為1cm的小型制備柱是選擇。對于直徑5公分及以上直徑的制備柱子，建議選擇DAC柱子。
有機玻璃柱子也能抗壓力耐腐蝕，相對不銹鋼柱子而言，它是半透明的，可以看到液體的運行狀態，對有色的物質其特點就更為突出。
4、固定相的選擇
硅膠、鍵合固定相（如C18）、離子交換樹脂、聚酰胺、氧化鋁、凝膠等都可以作為色譜柱的填料。有不少文獻報道，對填料可以進行一下處理提高了分離效果，如，對硅膠進行的硝酸銀（或緩沖液）處理。
5、裝柱方法的選擇
根據固定相顆粒度和柱子的尺寸，采用不同的裝柱方法，往往裝填越好分離效果越好。裝柱效果跟填料的顆粒度關系很大，顆粒度的減少會導致裝柱的難度大。一般來說，顆粒直徑小于20－30um的固定相采用濕法裝填。所謂“敲擊－裝填”技術適用于顆粒直徑大于25um的固定相。濕法的目的是迫使相對稀松的固定相懸漿以高速裝入色譜柱子，從而減少空隙的形成。然而，當柱直徑大于20mm，所加壓力為30－40bar時，高壓懸漿裝填技術就變得十分復雜。為將小顆粒固定相裝入更大得制備型色譜柱，可采用柱長壓縮技術。這種方法，先將固定相懸漿（或偶爾是干填充物）裝入柱中加壓，利用物理方法將其壓緊。壓緊的方法有兩種：徑向壓縮和軸向壓縮。濕法裝柱需要一定的設備，在柱子填完后，應用有柱效的測量，對柱效低的柱子應該重填。
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