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微處理控制系統是維持培養箱內溫度、濕度和CO2 濃度穩態的操作系統。微處理控制系統和其它各種功能附件(如高低溫自動調節和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置等)的運用，使得二氧化碳培養箱的操作和控制都非常的簡便。

如:LEEC 的PID 微處理器觸摸屏控制系統，它能嚴格控制氣體的濃度并將其損耗降低水平，以保證培養環境恒定不變，且能保證長期培養過程中箱內溫度，并有液晶顯示，圖形化過程監控、干預事件記錄等。此外報警系統也是不可少，它能讓你及時知道培養箱出現的情況，并做出反應，從而大限度地降低了損失，保證實驗的連續性。有些培養箱有聲/光報警裝置，溫度變化達±0.5℃，或CO2 濃度變化達±5%時，即會自動報警;有些具有CO2 濃度異常報警顯示功能;有些具有低壓、斷電報警功能。這些裝置都是為了方便使用者，以減少繁瑣枯燥的實驗過程而設計的。

水套式加熱

水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，其優點:水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利于實驗環境不太穩定(如有用電限制或經常停電)的用戶選用。

氣套式加熱

氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。

氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化(水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況，還有潛在的污染隱患)。