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SolarRed核酸染料有2種使用方法：
1.膠染法
(1) 制膠時加入SolarRed核酸染料(例如：每50mL 瓊脂糖溶液中加入5μL SolarRed 10,000× 儲液，以此比例類推)。
(2) 按照常規方法進行電泳。
注意事項：
(1) 此方法染色染料用量相對較少。500 μL染料大約可以做100塊 50mL的膠。
(2) 由于SolarRed具有良好的熱穩定性，可以在熱的瓊脂糖溶液中直接添加，而不需要等待溶液冷卻。搖晃，振蕩或者翻轉以保證染料充分混勻。也可以選擇將SolarRed儲液加到瓊脂糖粉末和電泳緩沖液中，然后用微波爐或其他常用方式加熱以制備瓊脂糖凝膠。SolarRed兼容幾乎所有常用的電泳緩沖溶液。
(3) 如果總是看到條帶彌散或分離不理想，建議使用泡染法染色以確認問題是否與染料有關。如果染色后問題依舊存在，則說明問題與染料無關，請嘗試：降低瓊脂糖濃度;選用更長的凝膠;延長凝膠時間以保證邊緣清晰;改進上樣技巧或選擇泡染法染色。
(4) 此方法不適合預制聚丙烯酰胺凝膠，對于聚丙烯酰胺凝膠請使用泡染法。
2.泡染法
(1) 按照常規方法進行電泳。
(2) 用H2O將SolarRed 10,000× 儲液稀釋約3,300倍到0.1M NaCl中，制成3× 染色液。(例如將15μL SolarRed 10,000× 儲液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中)。
(3) 將凝膠小心地放入合適的容器中，如聚丙烯容器中。緩慢加入足量的3× 染色液浸沒凝膠。室溫振蕩染色30min左右，染色時間根據凝膠厚度以及瓊脂糖濃度不同而略有不同。對于含3.5～10%丙烯酰胺的凝膠，染色時間通常介于30min到1h，并隨丙烯酰胺含量增加而延長。

注意事項：
(1) 用泡染法染色時，染料用量較多。單次使用的染色液可重復使用3次左右。
(2) 3×SolarRed染色液可以大量制備，在室溫下避光保存直用完。

在使用核酸染料時建議合理的佩戴手套、口罩、護目鏡等護具，并在符合要求的環境下進行造作，避免核酸染料對操作者的皮膚和呼吸系統造成影響。不小心接觸皮膚后應該立刻清洗，并妥善處理廢棄物。