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清洗：發酵罐罐體會直接與培養物接觸，其表面光潔度以及內部構件的清潔度是直接影響染菌情況的關鍵因素。所以在每次發酵結束后和二次使用前，都必須對發酵罐罐體及相關配件進行清洗。清洗時需要注意電器元件和電極接口不能受潮，這里建議清洗前取出pH、DO電極，并按規定保養。
清洗發酵罐罐體內部可配合進氣、攪拌、加溫等一起進行，也可打開罐蓋用軟毛刷刷洗罐內，方法如下：
關閉電源取下罐蓋口電極、電機及連接線；
拔下進氣膠管和冷凝器快速接頭；
拆下進氣過濾器上的膠管與接頭；
將罐蓋和攪拌系統一起垂直向上，小心拆卸，并橫置于桌面，注意不要碰撞到攪拌軸和槳葉，并用中性洗滌劑清洗罐體及內部；
注意事項：
清洗罐蓋時只能抓住軸套或頂蓋，不能著力攪拌軸、槳葉或其它易變形部位；
在清洗同時，應對閥門處的O型密封圈進行檢查，如發現變形、老化、劃傷等現象需及時更換；
清洗完畢重新安裝完成，應擦干發酵罐上的水跡；
小心擰緊罐蓋螺絲，注意罐蓋與罐體間的縫隙；
對于實驗室玻璃發酵罐的清洗應特別要小心，拆裝時不要碰撞，以免損壞玻璃罐體。
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