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如果流動相均由液相色譜儀級溶劑組成，流動相沒有必要過濾。這是因為高效液相色譜級的有機溶劑，例如乙腈、甲醇等，在制造的工藝過程中都已經過了0.2μm微孔濾膜過濾。同樣，無論你是買的HPLC級的水還是在實驗室使用超純水凈化系統制備的水，最后一步也是通過0.2μm微孔濾膜，然而，如果有任何一種緩沖液中加入了固體物，例如，磷酸鹽，流動相過濾將是必要的一個步驟。
液相色譜儀雖然緩沖鹽可能是可溶解的、高純的，但它還是可能含有顆粒物質，例如在蓋試劑瓶的塑料內蓋時，塑料瓶蓋子與瓶口邊緣擠壓就會產生塑料顆粒。在這種情況下，添加的一種固體物可能*溶解了，但是少量雜質顆粒存在于流動相中成為殘渣。流動相通過0.45μm微孔濾膜過濾對于從流動相中除去所有顆粒物是一個有效方法。0.2μm微孔濾膜也可以用，但是它們就這個應用而言并不比0.45μm微孔濾膜更有效，而且它的過濾速度會更慢，特別是當實驗室使用的試劑和水的質量不太好時。
建議實驗室在編寫液相色譜儀制定他們流動相制備標準操作程序（SOPs）時規定，可以借鑒國際上同類實驗室的規定，即：流動相制備僅采用HPLC級液體時不需要過濾，反之所有流動相組成在使用前必須過濾。在連接儲液瓶和泵的輸液管的末端入口采用下沉式過濾器（常見材質有熔融玻璃砂芯濾板和微孔金屬的兩種）也是很重要的。這個過濾器的規格為≥10μm的微孔物質，所以，它不能取代流動相過濾步驟，但是它能除去系統中的塵土并保證儲液瓶、輸液管使用的可靠性。
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