購儀器設備時，在關心儀器的價格和品牌外，采購人員更關心儀器設備的配置情況，是否能滿足后期的使用要求。就離子色譜儀采購而言，采購人員首先應了解購買離子色譜儀主要用于那些離子的檢測，了解待測樣品的基本情況、化合物性質、是無機還是有機離子、酸性還是堿性、親水性、電荷數等。待測目標離子決定選用哪一種分離方式的主要根據離子的水合能和疏水性。
根據離子分離方式的不同,可將離子色譜可分為高效離子色譜(HPIC)、離子排斥色譜(HPICE)和流動相離子色譜(MPIC)等三類。水合能高和疏水性弱的離子，最好用高效離子色譜(HPIC)分離；有一定疏水性也有明顯水合能的pH值在1-7之間的離子，最好用離子排斥色譜(HPICE)分離；水合能低和疏水性強的離子，最好用親水性強的離子交換分離柱或流動相離子色譜(MPIC)分離。

有些物質的分離可能有幾種方法可以選擇，我們的方案可以根據基體的類型、選擇性、分析過程的復雜程度、分析成本高低來決定。不同類型離子可選用的分離方法和檢測方法進行了匯總。一般的規律是：對弱離解和電化學活性的離子，可選用安培檢測器；離子通過柱后反應生成或離子本身在紫外、可見光有吸收或能產生熒光的離子，可選用熒光檢測器或UV/VIS；紫外或可見無吸收以及強離解的酸和堿，用電導檢測器。
在溶液中以離子形態存在的物質(無機、有機離子)，以強酸(甲基磺酸、硝酸)或弱酸的鹽(碳酸鈉,氫氧化鉀)為流動相，離子交換分離，電導檢測。若待測化合物為弱堿，因為在強酸性溶液中會以陽離子形態存在，選用較強的酸作流動相，陽離子交換分離;對接近中性的水溶性的有機分子(相對常見的小分子而言)，若待測物為弱酸，則由于弱酸在強堿性溶液中會以陰離子形態存在，因此選用較強的堿為流動相，陰離子交換分離。