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一、短期停機
在完成一天工作以后，都要停機等第二天再繼續工作，則可按以下步驟停機。
關閉二次儀表（記錄儀、積分儀或色譜工作站）；關閉檢測器電源（同時切斷柱箱溫度檢測器的電源）；停止恒流泵工作，然后切斷其電源；用二次蒸餾水沖洗進樣閥的進樣孔（在“LOAD" 和“INJECT"兩個位置）；切斷實驗室工作電源，加滿盛液瓶中的流動相，待第二天使用；將儀器罩上防塵罩。
二、長期停機：
儀器須數周或數月暫不使用，這時除按《短期停機》的以上步驟處理外，還須完成以下步驟：
拆下恒流泵的流動相盛液瓶，換上色譜柱的保護試劑（例：甲醇、去離子水等），開啟泵數分鐘 （流速0.5 mL/min ~ 1.5 mL/min）后停泵；從系統中拆下色譜柱，用專用的密封螺帽將柱管兩端密封后保存；用普通φ1.6導管替代分離柱聯結；用二次蒸餾水或去離子水輸入輸液泵，開啟泵，流量1mL/min~2mL/min， 沖洗泵體、進樣閥、檢測器流通池數分鐘，在沖洗過程切換六通閥數次，使定量管得到清洗；拆除替代柱的導管、泵輸入端和出口的導管和流通池輸入、輸出口導管， 分別用螺帽密封輸液泵出口和流通池輸入、輸出口；撥下總電源接線板的插頭，貯存好專用的流動相和樣品，用干布擦洗儀器，罩上防塵罩；檢測器存放地點應干燥。
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