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于移液器而言，消毒和滅菌兩個概念常常被人提及，而兩者之間的區別大家可能一時無法區別：消毒只是要求移液器上的活菌控制在規定范圍內，達到無害化水平即可；而滅菌則更嚴格，要求去除一切活菌，也就是說滅菌高于消毒。
移液器消毒：
化學消毒：用酒精燈擦拭移液器外表，吹干即可
紫外線消毒：用紫外線照射移液器的外表，通過損壞細胞DNA結構從而達到消毒效果，紫外線消毒取決于輻射強度和細菌對紫外線的抵抗力強弱。
移液器滅菌：
非整支消毒的移液器：先用滅菌袋、錫紙或許牛皮紙等包裝滅菌不見，121℃，1bar大氣壓，20分鐘；滅菌結束后在室溫下*曬干，給活塞上油組裝即可。
整支消毒的移液器：整支移液器放置于121℃，1bar大氣壓下進行20分鐘高溫消毒
不能進行高溫消毒：用于RNA提取等可以用75%乙醇清洗移液器的頭部，如果是用于無RNase污染的75%乙醇，注意：半支消毒的移液器不能以進行整支消毒，否則會導致度數的數字部分變色，度數禁絕等顯著現象。
移液器采購時可注意能否整支消毒或者僅能半支消毒，針對不同的移液器所采取的方法不盡然相同，還需在日常使用中摸索。
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