對照樣品在免疫印跡結果的判定上起著非常重要的作用。對照樣品是使用抗體來檢測樣品中的蛋白。當使用免疫印跡來決定某個樣品中蛋白表達的水平時，上對照樣是用來保證結果不是由于上樣問題或者蛋白轉印的錯誤。當使用上樣對照時，正確類型的對照首先需要選擇出來。
上對照樣品的好處
上對照樣品，有很多好處，通常來說關于質量。沒有一個上樣對照，免疫印跡的結果不能發布因為不能足夠的證實。因為這樣，上對照樣對于那些想要發表的研究來說非常重要。當有一個上樣對照的時候，常見的錯誤比如轉印失敗會變得非常突出。這減少了花在那些不能使人信服的或不正確的結果上的時間。
進一步講，類似于邊緣效應的問題 -- 當蛋白從外部的泳道向中心漂移 -- 可以排除通過使用上樣對照，優化調整整個印跡過程，上樣對照可以用來進一步減低不規則蛋白表達水平的影響。在任何情況下蛋白會被要么上樣或者轉印錯誤所影響，上對照樣就顯得尤為重要.
常用的上樣對照
有幾種主流類型的上樣對照. 取決于免疫印跡本身，任何這些蛋白或者是理想的選擇. 如下是常用的上樣對照。
· Actin. Actin是對于全細胞和細胞質抽提的應用來說是理想的選擇。有各種形式可供選擇, Actin是極其多用途的上樣對照。Actin不能用于骨骼肌肉樣品，因為它是肌肉活動的主要組分。
· GAPDH. 甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH)是另外一個全細胞和細胞質抽提上樣對照. 通過打斷葡萄糖和碳分子，GAPDH作為糖酵解催化劑.
· Porin. Porin對于線粒體蛋白來說是一個理想的上樣對照. Porin是一個電壓依賴性的陰離子選擇通道蛋白, 在很多組織中都得到了發現。
· Lamin B1. 主要適用于核蛋白膜，Lamin B1 理論上人為主要負責細胞內細胞核一些元素的穩定. Lamin B1不應該作為上樣對照當沒有核膜的時候。
· TBP. TATA 結合蛋白 (TBP)是另外一個核蛋白的上樣對照. 它是一個轉錄結合蛋白, TBP 直接和RNA聚合酶II一起發揮作用在DNA定序中被發現。
除了有不同類型的上樣對照，而且上樣對照也有不同的產品形式，包括沒有偶聯或偶聯特定的標記, 酶或者染料用于簡單的檢測.
使用上樣對照的缺點
由于涉及到許多準確性的檢查，一個上樣對照會增加每次免疫印跡的成本和時間。不管這是否有價值這都取決于實驗室的應用以及他們的需求。因為上樣對照必須要購買，使用上樣對照的準確成本取決于這個上樣對照哪里采購以及采購成本。進一步講，針對某個特定的應用使用錯誤的上樣對照會導致一些準確性和結果產生的相關問題。盡管如此，上樣對照是得到可靠檢測的要求。
那些不熟悉使用上樣對照的實驗室或許需要首先了解他們實驗室的需求， -- 以及對于他們來說合適的上樣對照。
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