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Smart-seq3xpress:更低成本、更高通量的單細胞測序技術

2023-8-15  閱讀(480)

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單細胞轉錄組測序可以研究細胞內RNA轉錄本的異質性和復雜性,揭示組織/器官/生物體內不同細胞類型的組成和功能,目前在胚胎發育、細胞分化、神經科學、腫瘤免疫等領域都有重要的應用。基于SMART(Switching mechanism at the 5′ end of the RNA template)技術的Smart-seq2是主要的單細胞測序技術之一,具有高靈敏度、全長轉錄本覆蓋度、可檢測到稀有轉錄本等特點,應用場景廣泛。

 

圖1. Smart-seq2技術流程圖[1]

 

但基于平板的Smart-seq2技術,分析通量低且成本較高,在一定程度上阻礙了其應用為解決這一問題,該技術的開發者瑞典卡羅林斯卡學院的Rickard團隊改進開發了Smart-seq3技術[2],與Smart-seq2相比,Smart-seq3在逆轉錄過程中引入了分子編碼(UMI),使轉錄本長度增加,靈敏度進一步提高,建庫成本降低十幾倍。但仍然無法同時滿足高通量、高基因檢出能力和低成本的需求,因此該團隊進一步開發了Smart-seq3xpress[3]

 

圖2. Smart-seq3xpress流程圖

 

與Smart-seq3相比,Smart-seq3xpress在平板上由96孔板替換為384孔板,提升樣本通量;在反應體系上由標準10 μL縮小至1 μL,減小反應體系;在建庫流程上減少cDNA擴增循環數、去除cDNA濃度定量、片段長度質控和投入量歸一化等步驟,簡化實驗流程。使測序成本在Smart-seq3基礎上進一步降低3-4倍,而且獲得的數據質量高,能夠滿足高效和精細的細胞聚類要求,適用于大規模細胞圖譜構建

 

表1. Smart-seq2與Smart-seq3xpress比較

 

Smart-seq3xpress縮小反應體系、簡化實驗流程的同時要保證獲得高質量數據,就意味著對建庫的酶原料有著更高的性能要求。翌圣基于自身的分子酶改造平臺——ZymeEditor™對Smart-seq技術的核心酶原料進行性能改造及工藝優化,并可規模化生產,在保證優異性能的同時進一步降低實驗成本。

 

 

產品推薦

 

產品分類

產品特點

產品名稱

產品貨號

逆轉錄酶

pg級靈敏度,快速逆轉錄,高全長cDNA產量(20 kb),末端轉移酶活性

Hifair® Ultra Reverse Transcriptase(200 U/μL)

14604ES

RNase抑制劑

廣譜的RNase抑制活性,兼容各種逆轉錄酶和聚合酶

UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (40 U/μL)

14675ES

高保真DNA聚合酶

高保真度,低GC偏好性,的擴增效率和廣泛的模板適應性

Hieff Canace®II High-Fidelity DNA Polymerase

10140ES

轉座酶

片段化能力優異,高建庫產量,裸酶可搭配各測序平臺接頭

Tn5 Transposase (10 U/μL)

14524ES

Smart-seq2單細胞建庫試劑盒

全長cDNA合成,Tn5建庫

Hieff NGS® Single Cell Low-Input cDNA Synthesis & Amplification Module

12500ES

Hieff NGS® C112P1 Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for 1 ng)

13468ES

全長cDNA合成,酶切法建庫

Hieff NGS® Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit

12502ES

 

參考文獻:

[1] Picelli S, Faridani OR, Bj?rklund AK, Winberg G, Sagasser S, Sandberg R. Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2. Nat Protoc. 2014;9(1):171-181. 

[2] Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Chen P, et al. Single-cell RNA counting at allele and isoform resolution using Smart-seq3. Nat Biotechnol. 2020;38(6):708-714. 

[3] Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Sandberg R. Scalable single-cell RNA sequencing from full transcripts with Smart-seq3xpress. Nat Biotechnol. 2022;40(10):1452-1457. 



 


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