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FFPE樣本是什么？
做病理的小伙伴對(duì)FFPE樣本肯定不陌生，F(xiàn)FPE（Formalin-Fixed and Parrffin Embedded）樣本是福爾馬林固定石蠟包埋的樣本，固定包埋的方法能夠使組織在常溫保存很長(zhǎng)時(shí)間。早FFPE樣本主要是用于病理形態(tài)學(xué)觀察，近些年，隨著精////準(zhǔn)醫(yī)療的滲透發(fā)展，F(xiàn)FPE樣本在臨床病理檢驗(yàn)、腫瘤基因檢測(cè)中也得到廣泛使用。
圖1 FFPE樣本
人們將FFPE樣本中的核酸提取出來(lái)進(jìn)行建庫(kù)，然后利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)FFPE樣本的核酸進(jìn)行測(cè)序和分析，就能得到病理和腫瘤相關(guān)的很多重要信息。加上FFPE樣本方便保存的特點(diǎn)，不論在檢驗(yàn)檢測(cè)還是醫(yī)學(xué)研究中都是一個(gè)好幫手。
FFPE樣本建庫(kù)的不完美
福爾馬林固定石蠟包埋樣本雖然使組織得以長(zhǎng)期保存，但其特殊的制作方法和保存過(guò)程會(huì)對(duì)核酸分子造成多方面的影響：
- 福爾馬林固定使核酸與蛋白發(fā)生交聯(lián)，影響核酸提取質(zhì)量；
- 石蠟高溫滲入過(guò)程加速磷酸二脂鍵的水解，導(dǎo)致核酸降解；
- 福爾馬林固定以及不理想的保存條件使胞嘧啶脫氨基引入C→T，G→A等突變；
- 固定和包埋增加核酸分子脆性，造成核酸高度片段化等。
這使得FFPE樣本中的核酸質(zhì)量往往很差，用FFPE樣本建庫(kù)測(cè)序就面臨諸多挑戰(zhàn)：
怎么辦，拿FFPE樣本沒(méi)法子了么？
FFPE DNA修復(fù)試劑
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent是針對(duì)FFPE樣本而設(shè)計(jì)的修復(fù)試劑，可修復(fù)低質(zhì)量FFPE樣本不同程度的損傷，提高文庫(kù)產(chǎn)量及測(cè)序質(zhì)量。具體來(lái)說(shuō)，能修復(fù)胞嘧啶脫氨成尿嘧啶、切刻與缺口、堿基氧化、3’端封閉等損傷類型。
損傷類型 | 是否修復(fù) |
胞嘧啶脫氨成尿嘧啶 | √ |
切刻與缺口 | √ |
堿基氧化 | √ |
3’端封閉 | √ |
DNA////片段化 | × |
核酸蛋白交聯(lián) | × |
FFPE DNA修復(fù)試劑可搭配市面上通用的建庫(kù)產(chǎn)品，完成FFPE樣本的損傷修復(fù)；配合翊圣生物Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit（Cat#12199，13310）建庫(kù)試劑盒使用，只需要把修復(fù)試劑加到反應(yīng)體系中就可以了，不需要額外的操作步驟，很方便呦。
DNA修復(fù)顯著提高文庫(kù)產(chǎn)量
圖2是用翊圣UltimaTM DNA建庫(kù)試劑盒（Cat#12199）建庫(kù)，測(cè)試翊圣FFPE DNA Repair Reagent(Cat#12606)對(duì)建庫(kù)產(chǎn)量的影響的數(shù)據(jù)。
圖2 FFPE修復(fù)試劑盒對(duì)建庫(kù)產(chǎn)量的影響（Input DNA: 10 ng; Cycles：10）
從測(cè)試結(jié)果看，Hieff NGS® FFPE DNA修復(fù)試劑顯著提高了文庫(kù)產(chǎn)量，尤其對(duì)于低質(zhì)量的FFPE DNA樣本，產(chǎn)量提升了3倍！
如果你正為低質(zhì)量的FFPE樣本DNA建庫(kù)而苦惱，不如試試FFPE DNA修復(fù)試劑吧。FFPE樣本建庫(kù)，你需要的修復(fù)試劑在這里：Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent (Cat#12606)
