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mNGS病原微生物檢測完整解決方案

2020-4-27  閱讀(2854)

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      近年來,造成人類感染的病原微生物日益復雜,種類增多,抗菌藥物濫用致使細菌耐藥,病原微生物已成為關注的焦點。據WHO統計,在中國,感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對重癥感染患者,能否快速確認感染病原體,成為后續對癥治療的關鍵,基于宏基因組新一代測序技術(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)為解決這一問題提供了一個可能的突破方向。
      mNGS具有不依賴于傳統的微生物培養,直接對臨床樣本中的核酸進行高通量測序,能夠快速、客觀的檢測臨床樣本中的較多病原微生物的特點。
      mNGS的檢測流程可以大致分為5個步驟:核酸提取、文庫構建、上機測序、生信分析與報告解讀。

圖1: mNGS檢測流程圖(Gu W et al. Annu Rev Pathol-Mech.2019.14(1), 319)


Yeasen為 mNGS濕實驗部分(核酸提取,文庫構建)提供完整解決方案:


解決方案一:核酸提取系列

      Yeasen MolPure®柱式核酸提取系列試劑盒采用MolPure® DNA/RNA Column和新型的溶液體系,適用于從各種反應體系樣品、多種動植物樣本、菌體等復雜樣本中高效提取和純化高純度、高質量的核酸。可直接用于各種分子生物學實驗。

產品特點
1)適用樣本廣:用于動物組織、血漿、血清、淋巴液、培養上清、分泌物、拭子、糞便、牛奶、尿液等樣品;
2)合并提取:同時提取樣本的DNA與RNA;
3)提取純度高:采用硅基質材料的離心吸附柱,可提取純度高的病毒RNA/DNA,質量穩定可靠;
4)滿足多種下游應用:可適用于各種下游應用實驗,如酶切、PCR、反轉錄和RT-PCR、NGS等。

產品性能

  1. 分別驗證小鼠組織、細菌和糞便中核酸提取的效率,結果顯示Yeasen核酸提取效率高于競品公司。

 
圖2:小鼠組織(左)細菌和糞便(右)DNA提取瓊脂糖膠圖,A表示Yeasen試劑盒,F、T、O表示競品公司

產品詳情

產品類型產品名稱貨號
核酸提取病毒DNA/RNA提取試劑盒MolPure® Viral DNA/RNA Kit 19321ES
組織DNA提取試劑盒MolPure® Cell/Tissue DNA Kit 18700ES
細菌DNA提取試劑盒MolPure® Bacterial DNA Kit 18806ES
糞便DNA提取試劑盒MolPure® Stool DNA Kit18820ES


解決方案二:DNA文庫構建系列

     Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit酶切法DNA建庫試劑盒,擺脫了繁瑣的超聲流程,操作簡便化,片段化/末修加A可在一步操作中完成,針對不同樣本(含FFPE)均可以獲得高質量文庫,尤其滿足病原樣本快速建庫需求,亦是自動化平臺建庫的首-選。

產品特點
1)實驗流程更精簡:片段化/末修/加A一步完成,大大縮減建庫時間;
2)樣本適用范圍廣:適用于痰液,腹水,腦脊液,FFPE等各類樣本;
3)適用場景更廣泛:自動化建庫平臺首-選;
4)酶切可控時間長:僅需調整酶切時間即可得到目標片段;
5)耐抑制物能力強:對于復雜樣本中的一些抑制物有更好的耐受能力。

性能展示

  1. 不同模板的質量不均一,采用不同的酶切時間可獲得優質文庫。


產品詳情

平臺類型方法產品名稱貨號
Illumina平臺DNA酶切法酶切法建庫試劑盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for illumina12204ES
配套接頭單端接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1,2,3,412615ES- 12618ES
MGI平臺DNA酶切法酶切法建庫試劑盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®13321ES
配套試劑環化試劑盒Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®13341ES
MGI接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®, Set 1,2,313360ES-        13362ES


解決方案二:RNA文庫構建系列

      Hieff NGS® Dual-mode RNA Library Prep Kit是翊圣生物推出針對微量RNA構建試劑盒,可以銜接市面上mRNA純化試劑盒或rRNA去除試劑盒構。本試劑盒提供的所有試劑都經過嚴格的質量控制和功能驗證,zui大程度上保證了文庫構建的穩定性和重復性。

產品特點
1)操作簡便:二鏈合成,末修加A合并為一步,操作更加簡便;
2)適用范圍廣:適用于pg級別的微量樣本建庫;
3)病原微生物檢測:適用于不同來源的病原微生物檢測(痰液,肺泡灌洗液,腦脊液等低濃度樣本);
4)產品穩定:不同生產批次間穩定。

性能展示
1.選取來源于不同人體的痰液和肺泡灌洗液提取的RNA樣本,經rRNA去除之后進行RNA文庫構建,表明低濃度樣本亦可高效建庫。

樣本信息痰液肺泡灌洗液
RNAA1A2A3A4A5B1B2B3B4B5
擴增前濃度0.5760.3920.3660.8260.5540.6120.5040.3160.3960.482
文庫2次純化后濃度10.88.269.328.6410.86.707.38.96.05.08
產量(ng)216165.2186.4172.8216134146178120101.6
提取樣本濃度較低,測不出來濃度,且經過rRAN去除


產品詳情

平臺類型方法產品名稱貨號
Illumina平臺RNA建庫法Hieff NGS® Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit for illumina®12252ES
MGI平臺Hieff NGS® Dual-Mode RNA Library Prep Kit for MGI®13332ES


解決方案三:文庫定量系列

dsDNA Assay Kit for Qubit®是Yeasen開發的專門用于Qubit®熒光儀或熒光酶標儀的試劑盒,線性范圍0.2-100 ng,即使在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,也可以選擇性的檢測dsDNA,且耐受較高濃度的蛋白質、鹽類、洗滌劑等污染物。

產品特點
1)簡便:實驗操作與原裝品牌一致,5min之內出結果;
2)靈敏:準確定量0.2-100ng樣本;
3)準確:包含FFPE、cfDNA等樣本在內的測試誤差均小于10%;
4)穩定:嚴格批次間穩定性指控。

性能展示

  1. 可準確定量dsDNA濃度在0.2-100ng的樣本,且不論在低濃度區間(0-1ng)或高濃度區間都能準確定量。測量值與實際值誤差:1%-10% ;與原裝Life實際定量誤差:1%-15%。

圖3:  dsDNA Assay Kit for Qubit®測試準確性。樣品使用標準品,每個測試3個平行,CV≤5%。


產品詳情

產品類型產品名稱貨號
文庫定量Qubit定量試劑盒dsDNA HS Assay Kit for Qubit®12640ES
1×dsDNA HS Assay Kit for Qubit®12642ES
qPCR定量試劑盒Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix12302ES


解決方案四:文庫純化系列

       Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,配合精心優化過的緩沖體系,可用于二代測序文庫構建過程中的DNA///片段分選、純化。操作方式與AMPure XP Beads相同,片段回收效率和文庫大小分布亦與AMPure XP Beads高度吻合。

產品特點
1)操作簡便:無縫替代XP,實驗操作、文庫大小和產量與XP*一致;
2)純化分選效果優異:純化回收效率高達90%,精準分選;
3)適用多種樣本:適用于FFPE、糞便、gDNA、微生物、血液等樣本的純化與分選;
4)通用性廣:兼容各種品牌建庫試劑盒;
5)品質穩定:不同生產批次間無差異。

性能展示

  1. 相同的分選比例,Yeasen磁珠與XP磁珠分選效果相當。

圖4: 磁珠分選精度與XP對比示意圖


產品詳情

產品類型產品名稱貨號
磁珠純化DNA磁珠Hieff NGS® DNA Selection Beads 分選磁珠(替代AMPure XP Beads)12601ES
RNA磁珠Hieff NGS® RNA Cleaner12602ES



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類別名稱貨號規格價格
建庫模塊末端修復/加AHieff NGS® UltimaTM Endprep Mix12605ES24/9624/96 T4233/14333
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擴增模塊2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification12621ES24/9624/96 T583/1783
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環化模塊Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® MGI®13341ES16/9616/96 T1853/9253
接頭完整接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®12615/6/7/8ES04/1612×4/12×16 T1256/4536
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磁珠DNA分選Hieff NGS® DNA Selection Beads12601ES56/7560/450mL6286/26186
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