一、除堿溶液和強酸溶液(pH1.5以下)以外都可以使用。(強堿溶液會使硅膠溶化，強酸溶液會使固定相脫落)
注意點：溶劑粘度過高會導致壓力上升，請將壓力控制在20Mpa以下。使用酸性流動相或凝固點高的溶劑后，必須清洗色譜柱。使用不含緩沖液，鹽，酸的流動相沖洗10-15分鐘。例：流動相為甲醇/磷酸緩沖液(20mmol/L)=50/50時，就使用甲醇/水=50/50沖洗，長期(1個月以上)保存：使用后，先用不含酸和鹽的流動相清洗色譜柱，再將流動相置換為乙腈/水=70/30或甲醇/水=70/30。
二、色譜柱使用時間后就會出現柱壓升高、柱效降低、峰形畸變和分離度降低、保留時間改變等變化,如不采取措施,將會縮短色譜柱的使用壽命,影響工作效率,并造成一定的經濟損失。常用的色譜柱填充劑有硅膠和化學鍵合硅膠、離子交換樹脂、凝膠或玻璃微球等填充劑。在化學鍵合硅膠中以十六烷基硅烷鍵合硅膠常用,辛基硅烷鍵合硅膠次之,氰基或氨基鍵合硅膠也有使用。
三、硅膠基的疏水反應柱既可克服樹脂基填料溶脹的缺點。硅膠基柱與樹脂基的柱相比又能能提供比較高的耐壓性能和流速。載量也比較高。尤其適合分離酶失活也比較少。比樹脂基的疏水柱價格便宜。在分離生物分子蛋白和酶中特別有用。離子交換柱提供了玻璃柱和TOSOH的產品相當但價格較為便宜。
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