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滅菌箱的工作原理主要有以下幾種：
一、高溫滅菌
1、干熱滅菌：利用高溫干熱空氣使微生物細胞內的蛋白質凝固、變性，從而達到滅菌的目的。一般在160-180℃下保持1-2小時，適用于耐高溫且不允許濕氣穿透的物品，如玻璃器皿、金屬器械等。
2、濕熱滅菌：通過飽和蒸汽釋放的潛熱使微生物的蛋白質、核酸等發生變性。蒸汽溫度一般在121-134℃，在相同溫度下，濕熱滅菌的效果比干熱滅菌好，因為蒸汽穿透力強，能更快地使微生物失活，常用于藥品、培養基、醫療器械等的滅菌。
二、化學滅菌
1、環氧乙烷滅菌：環氧乙烷能與微生物的蛋白質、核酸發生烷基化反應，干擾其正常代謝和生理功能，從而殺滅微生物。該方法適用于不耐高溫、濕熱的精密儀器、電子設備等，但環氧乙烷有毒，滅菌后需進行通風散氣。
2、過氧化氫等離子體滅菌：利用過氧化氫在低溫下形成等離子體，產生具有強氧化性的自由基，破壞微生物的細胞膜和核酸。這種方法滅菌速度快、低溫、無殘留，常用于對濕熱敏感的醫療器械滅菌。
三、輻射滅菌
1、紫外線滅菌：紫外線波長在200- 300nm時具有殺菌作用，主要通過破壞微生物的DNA結構，使其失去繁殖和自我修復能力。常用于空氣、物體表面的滅菌，但穿透力弱，不能用于被遮擋的部位。
2、γ射線滅菌：利用放射性同位素鈷-60等產生的γ射線，具有強大的穿透力，可破壞微生物的DNA、RNA及蛋白質等生物大分子，實現滅菌。適用于大批量、包裝好的物品滅菌，如一次性醫療用品、食品等。
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