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大尺度鑒定miRNA靶點(diǎn)新方法
點(diǎn)擊次數(shù)：1130 發(fā)布時(shí)間：2016-7-27
《自然—方法學(xué)》網(wǎng)絡(luò)版近日介紹了瑞士蘇黎世大學(xué)分子生命科學(xué)研究所邁克爾•恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點(diǎn)新方法。
在過去幾年中，隨著實(shí)驗(yàn)和計(jì)算方法的發(fā)展和完善，miRNA靶點(diǎn)的鑒定和預(yù)測(cè)研究取得很大進(jìn)展。然而，全面正確地鑒定miRNA的生物學(xué)相關(guān)靶點(diǎn)依然是個(gè)難點(diǎn)。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)”(selected reaction monitoring，SRM)的方法，該方法利用有針對(duì)性的質(zhì)譜技術(shù)實(shí)現(xiàn)了對(duì)miRNA-靶點(diǎn)互作的大尺度蛋白組學(xué)分析，進(jìn)而對(duì)預(yù)測(cè)的靶點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證。
恩加特納等人利用線蟲let-7突變體及其野生型為實(shí)驗(yàn)材料。為了測(cè)定由于let-7突變體數(shù)量減少導(dǎo)致的蛋白含量的下降，恩加特納等人對(duì)感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記，之后對(duì)其進(jìn)行SRM質(zhì)譜分析，獲得了可靠的目標(biāo)蛋白的定量數(shù)據(jù)。該實(shí)驗(yàn)使用了一套let-7可能的靶點(diǎn)基因及一套對(duì)照基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，161個(gè)蛋白中的29個(gè)蛋白的表達(dá)含量在突變體中發(fā)生變化，這可能是由于let-7基因和不同的靶點(diǎn)互作結(jié)果——該結(jié)果得到了獨(dú)立下游實(shí)驗(yàn)包括遺傳互作、多聚核糖體分析和熒光素酶檢測(cè)的驗(yàn)證。
SRM技術(shù)可以作為一個(gè)驗(yàn)證工具來進(jìn)一步探討對(duì)于靶點(diǎn)的理解;此外，SRM也可能用來精細(xì)描述目標(biāo)蛋白質(zhì)組亞群，促進(jìn)miRNA生物功能模型的研究。(科學(xué)網(wǎng) 任春曉/編譯)
相關(guān)方法：“選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)”技術(shù)
完成人：邁克爾•恩加特納研究組/呂迪•埃伯索爾德研究組
實(shí)驗(yàn)室：瑞士蘇黎世大學(xué)分子生命科學(xué)研究所 蘇黎世理工學(xué)院分子系統(tǒng)生物學(xué)研究所 蘇黎世系統(tǒng)生理學(xué)和代謝疾病合作中心 瑞士弗雷德里希•*生物醫(yī)藥研究所 英國劍橋大學(xué)生物化學(xué)系 英國劍橋大學(xué)威康信托/英國格登癌癥研究所 蘇黎世大學(xué)理學(xué)院