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RNAi技術(shù)：體外轉(zhuǎn)錄合成雙鏈RNA
點擊次數(shù)：3556 發(fā)布時間：2016-3-21
在植物、昆蟲、原生動物體內(nèi)都發(fā)現(xiàn)了自然存在的RNAi現(xiàn)象，實驗表明通過目的基因序列的雙鏈RNA可以誘導(dǎo)產(chǎn)生基因沉默現(xiàn)象。要制備較長的dsRNA，zui簡單的方法就是體外轉(zhuǎn)錄合成雙向的RNA。如果研究對象不是哺乳動物細胞，那要開展RNAi的實驗就要簡單很多。因為可以采用較長的雙鏈RNA誘導(dǎo)RNAi現(xiàn)象，而無需制備特定的sirna。在這里生物通將介紹幾個制備長鏈dsRNA的試劑盒。（值得注意的是在哺乳動物細胞內(nèi)，大于29nt的雙鏈RNA引發(fā)的是非特異基因沉默，21nt大小的雙鏈RNA，也就是我們前面所說的siRNA能有效引發(fā)特異的基因沉默。由于體外轉(zhuǎn)錄很難合成25nt以下的短鏈RNA，生物通在前面為大家介紹了一些利用試劑盒或者質(zhì)粒合成siRNA的產(chǎn)品。參考相關(guān)文章）
MEGAscript™ RNAi Kit
合成大量純凈的雙鏈RNA是RNAi實驗成功的關(guān)鍵。這個基于的轉(zhuǎn)錄高產(chǎn)技術(shù)的產(chǎn)品正是為大量合成用于RNAi實驗的dsRNA而優(yōu)化的。試劑盒要求用兩端帶有T7啟動子序列的目的基因作為模板（200nt以上，模板可以是質(zhì)粒載體上的，也可以是用帶有T7序列的引物擴增的PCR產(chǎn)物，另外也可以選用一個叫Lig"n Scribe Kit可以將T7 Prometor序列直接連接到DNA片斷的兩端），將模板和試劑盒提供的dNTP、酶等混合，根據(jù)模板的長短進行體外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。每次反應(yīng)可以合成50ug—100ug甚至更多的dsRNA(800nt以上的需要先加熱變性并褪火形成雙鏈)，產(chǎn)量是常規(guī)的10—50倍，整個試劑盒總產(chǎn)量可達2mg（20次反應(yīng)，每次100ug）。合成的產(chǎn)物經(jīng)過DNase I消化去除DNA模板，再經(jīng)過特殊的單鏈RNase（試劑盒里提供，后文介紹）除去單鏈的RNA，zui后經(jīng)過柱純化就得到純的雙鏈RNA，即可用于RNAi實驗。由于這個試劑盒提供全套產(chǎn)品，使用相當方便。
RNAi技術(shù)：體外轉(zhuǎn)錄合成雙鏈RNA
RNAi技術(shù)：體外轉(zhuǎn)錄合成雙鏈RNASilencing of Drosophila hrp48 and U2AF50 Protein by dsRNA.
A. Specific Reduction of expression Levels. 1 x 106 Schneider"s Drosophila melanogaster L2 Cells were grown in 6-well plates in serum-free medium and treated with 10 nM of dsRNA specific for either hrp48 or U2AF50. dsRNA were prepared with the MEGAscript RNAi Kit and post-transcriptionally labeled with Cy3 using the Silencer siRNA Labeling Kit when indicated (+). Cells were harvested 72 hours post treatment and the silencing effect was analyzed by western blot with anti-hrp48 (48 kDa, migrates as a doublet) and anti-U2AF50 (50 kDa) antibodies. An antibody directed against Pab 1 (lower panel) was used as a second negative control. B. Dose-sensitive Reduction of Protein Expression Levels. dsRNA-triggered silencing of hrp48 was analyzed as in Figure 2a using the indicated concentrations of hrp48 dsRNA made with the MEGAscript RNAi Kit. Western analysis was also performed with the anti-U2AF50 (bottom panel) and Pab 1 (data not shown) antibodies as negative controls.
HiScribe™ RNAi Transcription Kit
RNA干涉（RNA interference)是近年產(chǎn)生的研究轉(zhuǎn)錄后剪切的一種實驗方法。它將目的基因所對應(yīng)的雙鏈RNA 導(dǎo)入生物體，導(dǎo)致相應(yīng)的mRNA降解。和反義技術(shù)不同的是, 在基因表達恢復(fù)之前，RNA干涉現(xiàn)象將持續(xù)多個細胞分裂周期， 因而它是一種有力的研究基因功能的工具。它不是傳統(tǒng)的在DNA水平基因敲除，而是通過RNA干涉，在RNA水平上去除目的RNA。這樣大量基因功能可以快速經(jīng)濟地進行檢測。
HiScribe™ RNAi Transcription Kit也是一個體外合成雙鏈RNA進行RNA干涉實驗的試劑盒。不同于前者的是，這個試劑盒提供質(zhì)粒作為載體，方便了以后的擴增和復(fù)制。LITMUS™ 載體多克隆位點兩端帶T7啟動子。目的序列插入多克隆位點，利用T7 RNA 聚合酶同時轉(zhuǎn)錄DNA摸板的雙鏈，合成雙鏈RNA。載體啟動子為T7野生型序列，是已知zui強的啟動子之一，以保證轉(zhuǎn)錄產(chǎn)率的zui大化。帶有插入lacZ a片段供藍白篩選。