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技術(shù)文章

細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)通路*新模型

點(diǎn)擊次數(shù):1302 發(fā)布時(shí)間:2014-11-28

繁復(fù)的細(xì)胞信號(hào)網(wǎng)絡(luò)的解析一直是困擾生物學(xué)界的一個(gè)難題,眾多的傳導(dǎo)路徑往往使研究人員無(wú)從入手,給具體實(shí)驗(yàn)研究帶來(lái)極大困擾。而英國(guó)格拉斯哥大學(xué)研究人員zui近證實(shí),通過(guò)貝葉斯統(tǒng)計(jì)模型,不僅能對(duì)細(xì)胞信號(hào)通路模型進(jìn)行評(píng)級(jí),選出*的傳導(dǎo)路徑,還可對(duì)細(xì)胞信號(hào)網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行全新的詮釋。這一代表了細(xì)胞信號(hào)領(lǐng)域突破性進(jìn)展的研究成果作為封面文章發(fā)表在近期出版的《科學(xué)—信號(hào)傳導(dǎo)》雜志上。

細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)通路即是一個(gè)典型的多因子、多參數(shù)、相互調(diào)節(jié)的立體空間網(wǎng)絡(luò)。雖然科學(xué)家已經(jīng)可以在具體實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上建立細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)模型,但現(xiàn)階段依然很難確定細(xì)胞是以怎樣的網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行傳導(dǎo)的,而要對(duì)所有模型進(jìn)行檢測(cè)則只存在理論的可行性,在具體實(shí)踐中是不可能實(shí)現(xiàn)的。

zui近,英國(guó)的研究人員采用貝葉斯推斷法解決了這一難題。利用該方法,研究人員在現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,通過(guò)復(fù)雜的計(jì)算來(lái)對(duì)不同模型進(jìn)行評(píng)價(jià),以得到*模型,并通過(guò)具體實(shí)驗(yàn)對(duì)模型進(jìn)行驗(yàn)證,而所得的新數(shù)據(jù)又可以用于優(yōu)化模型。經(jīng)過(guò)幾次循環(huán)后即可得到zui接近真實(shí)的細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)空間結(jié)構(gòu)。

為了驗(yàn)證該方法的準(zhǔn)確性,研究人員選擇了現(xiàn)代生物學(xué)中被研究得zui為深入的表皮生長(zhǎng)因子(EGF)——細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶(ERK)傳導(dǎo)通路作為驗(yàn)證目標(biāo)。通過(guò)對(duì)兩個(gè)細(xì)胞系及11個(gè)因子的介入,在進(jìn)行了168次獨(dú)立檢測(cè)后,他們建立了四個(gè)表皮生長(zhǎng)因子——細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶?jìng)鲗?dǎo)模型,并用貝葉斯推斷法找到了zui有可能的“雙通道通路”,其推斷可信度達(dá)到了99.997%。而這一推斷隨后得到了核糖核酸(RNA)干涉實(shí)驗(yàn)的證實(shí)。

研究人員還同時(shí)推測(cè)出,細(xì)胞內(nèi)兩個(gè)重要激酶RAF-1和B-RAF可以在異源雙體的狀態(tài)下激活細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶,而這一推斷再一次得到的RNA干涉實(shí)驗(yàn)的證實(shí)。

該科學(xué)論文的*作者、格拉斯哥大學(xué)生物醫(yī)學(xué)和生命科學(xué)學(xué)院的徐天瑞博士指出,這一研究成果不僅解決了困擾生物學(xué)界多年的表皮生長(zhǎng)因子——細(xì)胞外信號(hào)激酶激活方式的爭(zhēng)議,而且也證實(shí)了貝葉斯推斷法的高保真性和指導(dǎo)性,它對(duì)RAF-1和B-RAF異源雙體激活細(xì)胞外信號(hào)傳導(dǎo)激酶的預(yù)測(cè)是普通生物學(xué)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)難以完成的。

徐天瑞表示,貝葉斯推斷法的成功運(yùn)用表明,生物信息學(xué)和實(shí)驗(yàn)生物學(xué)相結(jié)合,不僅可以極大地節(jié)省人力物力,還可以提供實(shí)驗(yàn)生物學(xué)難以提供的信息,這對(duì)研究細(xì)胞信號(hào)通路的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)具有普遍的指導(dǎo)意義,預(yù)示著未來(lái)的細(xì)胞信號(hào)通路研究將進(jìn)入一個(gè)新的時(shí)代。

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