生物顯微鏡是一種用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等也可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學儀器。生物顯微鏡用來供醫療衛生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。
生物顯微鏡的使用方法說明：
1、取用：將生物顯微鏡從鏡箱取出，取出時一手握鏡臂，一手托底座將其輕放在離工作臺邊緣8－10厘米處，偏左的位置。
2、低倍鏡的使用
（1）對光：對光前，先安上合適的目鏡（一般采用10×目鏡），將10×、40×、100×物鏡按照順時針安在物鏡轉換器上，逆時針轉動轉換器使10×物鏡對準載物臺中央的通光孔。從目鏡中觀察，同時調節反光鏡或接通電源，直至視場明亮、均勻為止。
使用雙目顯微鏡對雙目鏡寬度要進行調節，用推或拉的方法調節兩目鏡之間的距離，直到在兩個目鏡上雙眼同時觀察時，兩個圖形的視場正好*重合，此時鏡筒刻度盤上所示的數字，就是觀察者兩眼瞳孔之間的距離。
根據物鏡的放大倍數調節聚光鏡的高度，使用油鏡時由于放大倍數大，鏡像亮度小，需要較強的照明，需要將聚光鏡升至最高處。
調節可變光闌（光圈）使聚光鏡的鏡口率與物鏡的鏡口率一致，才能充分發揮舞靜的分辨率，方法為：將顯微鏡調整到工作狀態后，從目鏡筒中拔出目鏡，一邊觀察（向拔出目鏡的目鏡筒里看），一邊縮小光闌，這時可看到縮小的光闌被物鏡成的像，然后逐漸調大光闌，當光闌像的邊緣與物鏡通光孔黑圈的邊緣一致時停止，這時的聚光鏡鏡口率與物鏡鏡口率就一致了。如顯微鏡可變光闌圓框上刻有表示口徑的標尺，可調至物鏡鏡口率的80％，即物鏡鏡口率為0.65，則可變光闌的標尺調至0.65×80％＝0.52即可。
（2）觀察：將標本放置在載物臺上，使標本對準通光孔正中，下降鏡筒或升高載物臺，并從側面觀察，使物鏡下端和標本逐漸接近，但不能碰到蓋玻片。從目鏡觀察，用粗準焦螺旋慢慢升起鏡筒和下降載物臺直到看到標本為至，再調節細準焦螺旋至物像清晰。
3、高倍鏡的觀察
在低倍鏡下，找到要進一步觀察的部位，移至視野中心，再上升聚光鏡、逆時針轉動物鏡轉換器換上高倍鏡。合格的顯微鏡操作距離是由低倍鏡轉換到高倍鏡時剛好合用的，一般稍為調節一下細準焦螺旋即可看到清晰的物像。
4、油鏡的觀察
在高倍鏡下看到標本后，把需要進一步放大的部位移至視野中心。上升鏡筒或下降載物臺約1.5厘米。將物鏡轉離光軸，在蓋玻片所要觀察的部位上滴一滴香柏油，把光闌升至最大。換上油鏡，小心調節粗準焦螺旋，使油鏡慢慢下降或慢慢上升載物臺，從側面觀察油鏡下端與標本之間的距離，當油鏡的下端開始觸及油滴時即可停止。從目鏡觀察，調節細準焦螺旋，直至看清標本物像。
觀察完畢，上升鏡筒或下降載物臺，將油鏡轉離光軸，用干的擦鏡紙輕輕地吸掉油鏡和蓋玻片上的油，再用浸濕二甲苯的擦鏡紙擦拭兩三次，最后用干凈的擦鏡紙再擦拭兩三次。
