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凈工作臺只能保護在工作臺內操作的試劑等不受污染，并不保護工作人員，而生物安全柜是負壓系統，能有效保護工作人員。
 

根據生物安全防護水平的差異，生物安全柜可分為、二級和三級三種類型。

生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。其氣流原理和實驗室通風櫥基本相同，不同之處在于排氣口安裝有HEPA 過濾器，將外排氣流過濾進而防止微生物氣溶膠擴散造成污染。生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。
 

二級生物安全柜是目前應用為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4 個：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的二級生物安全柜都可工作人員、環境和產品的保護。
 

二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏出實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。
 

三級生物安全柜是為生物安全防護等級為4級實驗室而設計的，柜體氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Golve box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒相關實驗等。