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1、高溫變性：模板DNA經加熱至95℃左右一定時間后，使模板DNA雙鏈解離，使之成為單鏈，以便它與引物結合，為下輪反應作準備；
2、低溫退火：模板DNA與引物的復性，模板DNA經加熱變性成單鏈后，溫度降至55℃左右，引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結合；
3、適溫延伸：DNA模板--引物結合物在72℃、DNA聚合酶的作用下，以核苷酸為反應原料，靶序列為模板，按堿基互補配對與半保留復制原理，合成一條新的與模板DNA鏈互補的半保留復制鏈。
影響擴增的因素：
1、由于各種原因，造成的PCR擴增體系中出現了非目的檢測樣本本身的模板，使得PCR結果出現假陽性
2、操作錯誤或者誤差造成的模板間交叉污染
3、PCR試劑的污染
4、PCR實驗器材的污染
5、PCR擴增產物的氣溶膠污染
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