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溫度梯度PCR和降落PCR工作原理

時間:2023/7/20閱讀:864
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關于溫度梯度PCR和降落PCR的區別:  

  溫度梯度PCR是指在退火溫度不太明確時,為了找到優退火溫度,在一臺PCR儀上同時做多管PCR,每一管放在儀器內不同列(有的是不同行)上,分別進行PCR(如50~60可以分6管,分別為505254565860度),最后看看哪個溫度的效果好。總之是用來進行退火溫度優化的。

  降落PCR是在同一個PCR管內進行PCR,只是每個循環的溫度不同(如每個循環降1度)。一般兼并引物用這種方法多些。


降落PCRtouchdown PCR),一種PCR技術:

 設計多循環反應的程序,以使相連循環的退火溫度越來越低。由于開始時的退火溫度選擇為高于估計的Tm值,隨著循環的進行,退火溫度逐漸降到Tm值,并最終低于這個水平,用于確保第一個引物—模板雜交事件發生在最互補的反應物之間,即那些產生目的擴增產物的反應物之間。盡管退火溫度最終會降到非特異雜交的Tm值,但此時目的擴增產物已開始幾何擴增,在剩下的循環中處于滯后(非特異)PCR產物的地位。

 由于目標是在較早的循環中避免低Tm值配對,在TDPCR中好應用熱啟動技術。設計時,退火溫度的范圍應跨越15左右,從高于估計Tm值至少幾度到低于它10

 例:一對沒有簡并的引物—模板的計算Tm值為62

 則:從65℃—>50(每2cycles降退火溫度1),再在50退火溫度下做15個循環。

 實驗中如持續出現假象帶(雜帶),則是因為起始退火溫度太低,或目的擴增產物和非目的產物的Tm值相差無幾,或非目的擴增物以更高的擴增效率擴增,可把退火溫度每降低1所需的循環數增加到34

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