熒光顯微鏡是一種快速擴展且非常寶貴的研究工具。它的優點是基于在其他光學顯微鏡技術中不易獲得的屬性。熒光染料的使用使得在非熒光材料中識別具有高度特異性的細胞和亞微觀細胞成分和其他實體成為可能。正確使用方法：
1.右手握住熒光顯微鏡鏡臂，左手托住鏡座。
2.把熒光顯微鏡放在實驗臺上，略偏左(顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右處)。安裝好目鏡和物鏡。
3.轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。
4.把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
5.把所要觀察的玻片標本(也可以用印有“6”字的薄紙片制成)放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。
6.轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止(眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本)。
7.左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
