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Nature等十多篇文章公布小鼠ENCODE重大成果

2014-11-20  閱讀(252)

由冷泉港實驗室(CSHL)的Thomas R. Gingeras和西班牙巴塞羅那基因組調控中心的Roderic Guigo領導的一個研究小組,鑒別出了人類和小鼠中表達水平在相對限制的范圍內變化的6600個基因。
他們發現,這種表達限制與它們基因序列的相似程度無關。不論細胞的類型,這6600個基因代表了在兩個物種的全部組織細胞中通常活化的整套基因中大約三分之一的基因。研究人員說,這項研究提供的新信息將繼續幫助使小鼠成為研究人類疾病和生物學的*模式生物。
Gingeras說:“我們發現,進化相當狹窄地限制了這6600個基因的表達水平,我們認為這反映了這些特殊的基因對于兩個物種中所有組織中所有細胞的運作均至關重要。進化告訴了我們:不管在何種細胞類型中表達,這些基因需要限制它們的表達變化——變化增大將會高度損害基本的細胞日常運作。細胞需要這些基因在一個相對狹窄的范圍內運轉確保正常地發揮功能。”
該研究小組鑒別出的這6600個基因在小鼠和人類中已進化至,不論是在乳腺組織或肺組織中;也不論是在上皮細胞或神經細胞中,其表達在大約100倍的范圍內變化。而剩余的三分之二的表達基因則能夠在10萬倍以上的范圍改變它們的表達。
此外,Gingeras和合作者們還發現當比較從雞到人類6種極為不同的動物物種時,它們仍然共同有2500個基因的表達嚴格地限制在相同的狹窄范圍內。科學家們說,這表明了這種調控機制在進化上非常古老,因此極為重要。
這些出現在《自然》(Nature)雜志的一篇研究論文中,并且當前公布在生命科學預印本biorxiv.org上的研究結果,是小鼠ENCODE(DNA元件百科全書)項目在幾家科學期刊上發布的大量研究工作的一個組成部分。這一團體在今天發布于《自然》(Nature)雜志上的4篇研究論文中報告了一些共享研究結果。這項研究工作調查了參與調控小鼠和人類基因組的一些遺傳和生物化學程序。
同時,該團體還發現了一些強有力的線索解釋為什么小鼠中的一些過程和系統,例如免疫系統、代謝和應激反應會與人類如此的不同。基于多年的小鼠和基因調控研究,他們開發出了一種資源來幫助科學家們更好地理解小鼠和人類之間的相似和不同之處如何書寫在它們的基因組中。
這些研究結果有可能從整體上提供了,有關基因調控和對哺乳動物生物學至關重要的其他一些系統的新見解。他們還提供了一些新信息確定何時以及在哪些細胞類型和組織中,小鼠是研究人類生物學和疾病的適當模型,并且有可能幫助解釋它的某些局限性。這事實上是Gingeras和同事們在新論文中報告的這項研究工作的意義之一。
所有這些新發布的研究結果都來自于小鼠ENCODE項目。小鼠ENCODE項目是人類ENCODE計劃的延伸(延伸閱讀:Nature:十年探索,編寫人類的百科全書 )。ENCODE正在構建一張人類基

因組中功能性元件的綜合目錄。這些元件包括編碼蛋白質的基因、非蛋白質編碼基因,和一些控制哪些基因以及何時開啟或關閉的調控元件。ENCODE和小鼠ENCODE項目得到了美國國立衛生研究院(NIH)下屬國家人類基因組研究院(NHGRI)的支持。
NHGRI主任Eric Green博士說:“長期以來小鼠都是生物學研究模型的一個支柱。這些研究結果提供了有關小鼠基因組運作機制的豐富信息,并為科學家們更深入地了解小鼠和人類生物學奠定了基礎。小鼠ENCODE數據集對于研究團體是一個非常有用的資源。”
除了Nature,還有十多篇相關的研究已經或是即將發布在Genome Research、Genome Biology和Blood等期刊雜志上。



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