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多家機構聯合發表基因組測序“通用語”

2014-6-27  閱讀(237)

美國*傳染性疾病醫療研究中心(USAMRIID)牽頭多家機構,在美國微生物學會旗下的mBio雜志上發布了病毒基因組測序的一系列標準,為從事病毒基因組測序的研究者們提供了一個通用“語言”。
文章的資深作者,USAMRIID的Gustavo Palacios博士介紹道,這些標準是多家研究機構的科學家共同協作的結果,包括Broad研究所、J. Craig Venter研究所、Los Alamos國家實驗室、國家過敏和傳染病研究所、馬里蘭大學和Johns Hopkins大學。
“我們讓大家坐在一起,討論出來一個有意義的結果,這是一個重要的成就,”他解釋道。
作者們指出,基因組是生物體內的遺傳物質,以DNA或RNA的形式編碼。病毒基因組包括基因和一些非編碼的DNA或RNA序列,含有病毒復制和傳播所必需的信息。因此,確定這些序列可以獲得寶貴的信息,可以應用于各種醫學和科研領域。
“多虧了高通量測序技術的飛速發展,現在幾乎所有的病毒研究方向都涉及了測序,包括分子流行病學、藥物和疫苗開發、病毒的監控與診斷等等,”Palacios說。“近來,不管是已測序的基因組還是正在投身測序的研究機構都在迅速增多。”
雖然有大量的病毒基因組正在被測序,但“目前還沒有一個統一的框架,也沒有通用的詞匯來描述特定病毒基因組的‘完成’程度,”文章的*作者,USAMRIID的Jason Ladner博士說。測序的完成程度,決定著基因組的下游應用,包括設計診斷產品、反向遺傳系統以及開發治療對策等。
研究團隊希望能夠通過五條標準來彌補這樣的空白,這些標準涵蓋了完成病毒基因組的整個階段,使用不依賴測序技術的簡單條件規定了五個類別。(延伸閱讀:*基因組測序參考標準發布)
“不同的測序技術可能會很快淘汰更新,因此我們這些標準沒有關聯任何特定的測序平臺,可以長時間的使用下去,”Ladner解釋道。

研究人員指出,這些基因組測序的新標準,為所有涉及病毒的研究領域提供了一個基本框架,其分類法也可以被用在公共的序列數據庫中。此外,聯邦機構還可以根據這些標準,審批和調控與病毒有關的產品,例如診斷產品、疫苗和治療藥物。



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