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上海起發實驗試劑有限公司
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Circulomics是馬里蘭州的一家生物技術公司，位于IMET的Harbor Launch Incubator內。迄今為止，Circulomics已從NIH和Maryland TEDCO獲得近800萬美元的資金，用于開發核酸樣品制備，microRNA分析和單分子分析的創新平臺，這將推動基因組學技術的研究和臨床轉化，從測序到表達譜分析和生物標志物分析。
?Circulomics代理-上海起發
2019年7月?Circulomics SS-100-101-01新版說明書
Short Read Eliminator Kit
貨號 SS-100-101-01
使用方法：
在開始之前，用去離子水稀釋乙醇（96–100%），形成70%乙醇洗滌緩沖液。儲存所有緩沖器應在室溫（18–25°C）下儲存。產品使用電路短讀消除器套件僅供研究使用
對于所有協議•
eppendorf-dna-lobind管（eppendorf 022431021）推薦用于大多數圖書館準備工作。
電路短讀消除器（SRE-XS、SRE、SRE-XL）可用于快速高通量選擇高分子量（HMW）DNA樣品。這種方法可以通過逐漸耗盡長度達10 kb（sre-xs）、25 kb（sre）或40 kb（sre-xl）的短DNA來顯著提高平均讀取長度（圖1）。根據輸入樣本質量的不同，讀取長度N50多可增加10–30 kb。該試劑盒采用與標準乙醇沉淀技術類似的離心程序。他們已經在牛津大學納米孔研究所（Oxford nanopore minion/gridion/promethion）進行了全面的測試。Pacbio Sequel應用程序的協議將很快發布。
圖1.1%大小的選擇DNA的瓊脂糖凝膠分離與尺寸截斷證明使用尖刺的梯子（THEOMIC科學Gullulter 1 KB加，αSM1334）。輸入為50 ng/μl gDNA，使用Nanobind CBB Big DNA試劑盒+20 ng/μl梯子從GM12878細胞中提取。
使用的試劑盒的選擇應基于所需的尺寸選擇性能和輸入DNA的質量，如下表所示。只有在適當的量子位DNA濃度下使用合適的質量輸入DNA，才能達到規定的回收效率。
如果DNA樣本被剪切/破碎、濃度低或需要很高的回收率，則應使用短讀數消除器XS試劑盒。短讀消除器套件需要高質量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48kb。短讀消除器XL試劑盒需要非常高質量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48 kb。使用質量低于建議的DNA樣本將導致回收率低于預期。對于短讀消除器XS試劑盒，DNA濃度必須在25–150 ng/μl之間。對于短讀消除器和短讀消除器XL試劑盒，DNA濃度必須在50–150 ng/μl之間。使用低于建議的DNA輸入濃度將導致低于exp。預期回收率。使用高于建議的DNA輸入濃度可能會影響尺寸選擇性能。DNA濃度必須通過量子比特或皮克格倫分析來確定。由于樣品中也可能存在RNA，因此僅使用紫外-可見光譜測量得出的濃度通常會導致低回收率，因為DNA濃度會被高估。DNA樣本應在te緩沖液（pH8）、循環緩沖液eb或水中。如果樣品緩沖液存在顯著差異或含鹽量高，則可能會影響尺寸選擇特性和回收率。
