每個四級桿質量分析器有三種工作方式：離子全通過、掃描和離子選擇監測。全離子通過是指四級桿不施加直流電壓，這樣就不過濾離子，所有帶電離子全部通過；掃描是指在給定的質荷比范圍內，依次采集每個質量數的信號；而選擇離子監測模式，只是采集的某個或某幾個質荷比的離子信號。
如果要用三重四級桿液質聯用儀測試樣品，需要提前準備什么呢？
1、選擇合適的電離方式
常用的電離方式是大氣壓電離源(API)，包括電噴霧(ESI)、大氣壓化學電離源(APCI)。
1.1大氣壓電噴霧離子源(ESI源)
原理：待測物經液相分離，通過毛細管進入電離源，被離子源的高壓電場電離，同時在脫溶劑氣和溫度的共同作用下霧化，最終形成霧狀的帶電液滴，隨著溶劑不斷蒸發，液滴的體積不斷變小，電荷在液滴中不斷富集，最終在富集到一定程度時，發生“庫倫爆炸”，把液滴炸碎，在多次爆炸后，待測物最終被離子化。
適用范圍：適合于離子型和極性分析物，靈敏度高，能給出分子量的信息，是目前常用的離子源；化合物無需具有揮發性；是分析熱不穩定化合物的方法；能生成一系列多電荷離子，特別適用于蛋白、多肽類生物大分子；流速控制在0.5mL/min內。
1.2大氣壓化學電離源(APCI源)
原理：是常壓下的氣態化學電離過程。待測物通過毛細管噴霧來霧化，同時在高溫和脫溶劑氣的共同作用下快速蒸發溶劑，然后電暈針尖端高壓放電，使經過電暈針的待測物發生電離。
適用范圍：適合于非極性至弱極性樣品，小分子樣品以及抗菌素和堿性藥物等，且具有一定的揮發性；在相對較高的流速下靈敏度更高。
2、正負離子化模式的選擇
正離子模式：適合于堿性化合物，可用甲酸或乙酸對樣品進行酸化。樣品中含有仲氨或叔氨時可優先考慮使用正離子模式。
負離子模式：適合于酸性化合物，可用氨水對樣品進行堿化。樣品中含有較多的強伏電性基團，如含氯、含溴和多個羥基時可嘗試使用負離子模式。
3、流動相的選擇
常用的流動相為甲醇、乙腈、水和它們不同比例的混合物及一些揮發性的緩沖鹽，如甲酸銨、乙酸銨等，濃度小于10mmol/L(過高會抑制離子源的信號和堵塞噴霧針及污染儀器);還可以加入易揮發酸堿如甲酸、乙酸和氨水調節PH，濃度小于1%。禁止使用不揮發性的磷酸鹽、硼酸鹽等(在離子源會沉淀并堵塞毛細管等)，禁止使用會抑制離子化過程的表面活性劑(表面活性劑產生的加合物和離子簇會干擾質譜數據，因此不能使用洗滌劑清洗玻璃器皿等容器)、清潔劑和離子對試劑等，禁止使用鹽酸、硫酸等無機酸。
有機試劑必須為色譜級及以上，水用娃哈哈的純凈水。
送樣前一定要摸好LC條件，能夠基本分離。在液相上摸好的條件，注意尤其是流動相的組成轉化成合適的LC-MS條件。
4、樣品前處理注意事項
由于液質的流速較小(ESI一般為0.2mL/min)，所以配制樣品的溶劑極性強度不能太大，盡量小于起始比例，否則，會出現保留時間偏移等問題。
樣品必須過0.22μm濾膜過濾，不得有顆粒物。
樣品的溶劑必須是色譜純，最好和流動相比例一致。
樣品中不允許含有金屬離子、表面活性劑(不用洗潔精洗瓶子)、磷酸鹽、硼酸鹽等不揮發鹽。
樣品pH在5-7范圍內，嚴禁含有無機或有機強酸強堿。
質譜是靈敏度很高的儀器，進樣濃度一定不能太高，1-2μg/mL左右就行，太高的濃度對儀器來說容易造成殘留，而且定量不準確。
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