全自動微生物檢測系統即基質輔助激光解析電離飛行時間質譜，是一種新型的軟電離生物質譜技術，在微生物鑒定過程中展示出很大的優勢。質譜分析作為定量檢測分析，在檢測的靈敏度、特異性、分析速度、多指標同時檢測等方面有非常強的優勢，臨床上可實現對部分傳統檢測方法的技術替代。
感染類疾病治療過程中，病原微生物快速和準確的鑒定是臨床治療的基礎，傳統的微生物診斷技術包括：涂片鏡檢、分離培養、血清學檢測、分子生物學檢測等。近年來，隨著質譜技術的快速發展，離子源技術及質量分析器技術的變革，全自動微生物檢測系統成為微生物診斷領域一種非常有效的分析工具。
微生物質譜檢驗技術是將樣品分散在基質分子中并形成晶體。當用激光照射晶體時，基質從激光中吸收能量，樣品解吸附，基質－樣品之間發生電荷轉移使得樣品分子電離，電離的樣品在電場作用下飛過真空的飛行管，根據到達檢測器的飛行時間不同而被檢測，即通過離子的質量電荷之比（M／Z）與離子的飛行時間成正比來分析離子，從而測得并繪出樣品分子的質譜圖。
蛋白質是生命的物質基礎，不同的細菌或不同疾病的樣品，其蛋白質的種類和含量不同。不同的蛋白質解析后形成的多肽片段的種類、數量和分子量也不一樣，在一定的條件下，在電離空間的運動速度和距離不同。用質譜儀將各種蛋白質解析后在電離空間的運動速度和距離的軌跡記錄和描繪下來，則會形成不同的曲線圖形。
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