研究細胞核及其組成成分，如染色質、DNA、核內小RNA以及各種復制和轉錄酶等，需分離制備細胞核。
真核細胞的細胞核為有膜細胞器，所分離的細胞核要保持核膜的完整性，核內成分不外漏，核外細胞質成分不內滲或敖附在核膜上。通常用于分離細胞核的方法有3種，即有機溶劑法、蔗糖法和檸檬酸法。有機溶劑能阻止細胞質的某些成分進入細胞核內，但不能保持細胞核的正常形態，且可導致核內一些酶的失活，常用于定量分析細胞核的生化成分及其他一些特殊目的。蔗糖高速離心法較簡單，適用面廣，核純度高，保持生物活性，但要用高速離心機和較大量的蔗糖。檸檬酸法屬差速離心法，只需低速離心機，細胞質成分污染程度低，核破碎率也較低，蔗糖用雖較小，應用廣泛。
一、蔗糖高速離心法
將組織勻漿中細胞核游離出來，再經過蔗糖密度梯度離心，將細胞核沉淀下來。蔗糖為低滲透壓介質，能防止細胞核自溶。在梯度液中含有Ca2+，能減少細胞核的脆性。
二、檸檬酸低速離心法
取組織在一定濃度的檸檬酸溶液中勻漿，通過差速離心將沉降系數較大的細胞核先沉淀下來。檸檬酸能除去紉胞質里的酸溶性蛋白，整合二價陽離子，抑制酶，減少校的破碎。
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