在流式細胞檢測技術發展的幾十年中，熒光成為了其發展軌跡上重要代名詞之一。在流式細胞檢測實驗中，應用各種熒光素標記抗體是必不可少的。那么常用的流式熒光染料有哪些呢？
一、有機小分子
這類染料是具有歷史、應用廣泛且相對較小的熒光化合物。有了國外研究基礎，國內公司也陸續開始擁有自己專屬染料。
二、藻膽蛋白
從各種藻類中提取的大蛋白分子。與化學合成熒光染料相比，藻膽蛋白熒光量子產率超過90％、具備相對高的消光系數，且能夠發出強烈熒光信號。
在聚合物染料沒出現之前，PE和APC是亮的染料，也是搭配低豐度抗原選擇。不過，藻膽蛋白很容易受光漂白影響，因此不推薦長時間或反復暴露于激發源的應用。
三、串聯染料
一個具有供體染料分子的激發和受體染料分子的發射性質的獨特熒光基團。利用熒光共振能量轉移（FRET）的現象，即兩個熒光分子中供體的發射光譜與受體的激發光譜重疊，且位置上距離很近時，會產生能量的轉移情況，此時供體熒光分子的熒光信號發生淬滅，而受體熒光分子的熒光強度顯著增強。
比起單分子染料，串聯染料不僅在熒光亮度上明顯增強，還可在單一激發器中實現更大的發射波長，使得檢測紅外區域的光譜成為可能。一個激發光源就可以使用多個染料進行研究，這依賴于串聯染料擴展斯托克斯位移值（150-300nm），即激發與發射波長的差值。
隨著科研、IVD領域技術勢頭飛速發展，儀器不斷地迭代更新，流式細胞檢測技術手段已經十分成熟，僅僅單激光、單通道的流式分析，已經不能滿足科研人員需求，目前的單激光、多通道流式檢測技術，無論在免疫療法、細胞分選、生物制藥等其它領域都受到高度青睞。
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