常見問題
未回收或回收率低
可能原因
膠塊未全部溶解
建議解決方案
溶解凝膠時應該置于65℃水浴，不斷上下顛倒，確定膠塊*溶解后再進行下一步操作。如果凝膠濃度較大，可增加溶膠液使用量。
可能原因
膠塊太大(>400mg)
建議解決方案
如果需要處理的膠塊太大，應該先將其切成小塊，做兩次回收或選用大量型回收試劑盒。
可能原因
電泳緩沖液pH過高
建議解決方案
硅膠膜在高鹽低pH值時可結合DNA，在低鹽高pH值條件下洗脫。如果電泳緩沖液pH值太高，會導致DNA無法結合或降低結合率，可在溶膠后加入3M NaAc (pH5.2)，將pH值調7.0以下。
可能原因
漂洗液中未加入無水乙醇
建議解決方案
*次使用之前應該在漂洗液中加入無水乙醇。漂洗液每次用后應該擰緊瓶蓋，以免乙醇揮發，降低回收率。
可能原因
洗脫液不合適
建議解決方案
DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如TE和水；洗脫液pH值過低會降低洗脫效率，應確保洗脫液pH值在7.0-8.5之間，當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內；洗脫時可將洗脫緩沖液在65-70℃水浴預熱，加入洗脫液后在室溫靜置2-5分鐘，可提高洗脫效率。
可能原因
洗脫液加入位置不正確
建議解決方案
洗脫液應加在硅膠膜中心部位，確保洗脫液能*覆蓋硅膠膜的表面以達到大洗脫效率。
可能原因
洗脫體積太小
建議解決方案
洗脫液體積若小于30μl，則不易*浸透硅膠膜，使洗脫效率降低；洗脫液體積若超過200μl，則所得的DNA濃度會降低，但DNA總量不會減少。為了得到較高的洗脫效率可以適當增大洗脫液體積。
可能原因
洗脫時間過短
建議解決方案
洗脫時間對回收率也會有—定影響，洗脫時放置2分鐘可達到較好的效果。
常見問題
回收后的片斷無法用于后續試驗，如連接等
可能原因
乙醇殘留
建議解決方案
洗脫時硅膠膜上有漂洗緩沖液殘留，會使洗脫產物中含乙醇，影響下游操作，在洗脫之前可通過再次離心或置于50℃烤箱中5-10分鐘，*去除漂洗緩沖液中的乙醇。
可能原因
洗出液中污染有瓊脂糖
建議解決方案
凝膠未全部溶解
可能原因
洗脫產物有ssDNA，表現為在瓊脂糖電泳上呈現小的彌散帶。
建議解決方案
將洗脫產物95℃加熱2分鐘，慢慢冷卻到室溫，使單鏈DNA重新退火復性即可。
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