根據不同的分類標準，酶標板有著不同的分類
一、根據孔數，可分為96孔、48孔，其中96孔是現在zui常用的，因為酶標板就是配合酶標儀用，現在的酶標儀做出來的zui多的是96孔，所以客戶在購買時也是要96孔板，廠家也為了適應市場基本上做出來的就是96孔的。
二、根據其底部的不同，又分為平底的，U型底、V型底。平底的折射率低，適于在酶標儀檢測；U型底的酶標板折射率較高，方便加樣、吸樣、混勻等操作，可以不用放在酶標儀上，直接通過目測觀察顏色變化情況，從而判定有無相應的免疫反應。V底的酶標板可以的吸取樣品。
三、根據酶標板與蛋白和其它分子結合能力的不同，又分為高結合力，中結合力和氨基化的。
1）高結合力
此種酶標板，表面經處理后，其蛋白結合能力大大增強，可達300~400ngIgG/cm2，主要結合的蛋白分子量＞10kD。使用該類酶標板可提高敏感性，并可相對減少包被蛋白的濃度和用量，不足之處為較易產生非特異性反應。抗原或抗體包被后，以非離子去污劑無法有效地封閉未結合蛋白的部位，需使用蛋白作為封閉劑。
2)中結合力
此類酶標板經表面疏水鍵被動與蛋白結合，適合作為分子量＞20kD的大分子蛋白的固相載體，其蛋白結合能力為200~300ngIgG/cm2。由于該類酶標板所具有的僅與大分子結合的特性，適用于作為未純化抗體或抗原的固相載體，可降低潛在的非特異性交叉反應。該類板可以惰性蛋白或非離子去污劑作為封閉液。
3)氨基化
這種酶標板經表面改性處理后擁有帶正電荷的氨基，其疏水鍵由親水鍵取代。該類酶標板適合作為小分子蛋白的固相載體。使用合適的緩沖液和pH值，其表面可通過離子鍵與帶負電荷的小分子結合。由于其表面的親水特性和可通過其它交聯劑共價結合的能力，可用于固定溶于Triton-100、Tween20等去污劑的蛋白分子。該類板的缺陷為由于降低了疏水性，一部分蛋白分子無法結合；此外，其表面需有效地封閉。由于親水和共價的表面特性，使用的封閉液必須能夠與非反應性氨基基團和所選擇的交聯劑中任何功能基團發生作用。
四、另外根據顏色又分為透明、黑色、白色。
透明的是zui常用的，用于zui一般的酶聯免疫實驗。相對于透明的的板子，還有用于發光檢測用的不透明的板子，一般有黑色和白色兩種。黑色的酶標板自身會有光吸收，所以它的信號相對于白色的板子要低很多，因此一般用于檢測較強的光，如熒光檢測。而白色的酶標板就用于較弱的光檢測，常用于一般的化學發光。另外黑色的酶標板還可以消弱非特異反應帶來的問題。有些客戶會問，用一般的酶標板可不可以進行發光檢測，回答是不可以的，因為一般從化學發光反應中發射出的光是各向同性的，也就是說各個方向上同等發射出來的。如果用透明的板子，光不僅會從垂直方向發散，還從水平方向發散出來。很容易的就會通過各個孔之間的間隙和孔壁。這樣的話，光較強時相鄰孔之間的影響就會很大，因此不能用透明的酶標板來進行化學發光實驗。
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