離子色譜主要用于環境樣品的分析，包括地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子，與微電子工業有關的水和試劑中痕量雜質的分析。另外在食品、衛生、石油化工、水及地質等領域也有廣泛的應用。
離子色譜是實驗室常用設備之一，使用及操作過程中應注意儀器的維護和保養。
1、 流動相瓶中濾頭要注意始終處于液面以下，防止將溶液吸干。
2、 啟動泵前觀察從流動相瓶到泵之間的管路中是否有氣泡，如果有則應將其排除。
排除方法如下：先將與泵相連的塑料流路接頭擰下來，用洗耳球吸滿去離子水，從與泵段相連的流路管中注入，將流路管中的氣泡排除干凈。然后再將流動相瓶（一般為去離子水瓶）抬高，再將流路接頭與泵連接好。啟動泵，打開泵內排氣閥選鈕，將泵內氣泡排除干凈，一般觀察為流出液比較均勻，再將泵排氣閥擰緊。（注意：此項操作時，整個流路是與色譜柱斷開的）
3、 用去離子水或流動相清洗整個流路時，可以采用大流量清洗（一般可將流量設置為2.0ml/min，但不能再太大）以縮短清洗時間，但在通流動相接色譜柱時需要將流量調整為色譜柱使用流量條件。
操作如下：先將泵停止，再按動正號或負號，將光標調整至流量位置，按下確認鍵，再通過調節正負號將流量調節至色譜柱使用條件后，再按確認鍵。此時需要等待5s后再啟動泵開關。
接色譜柱時注意先將接頭在色譜柱前端抵上2-5s，將色譜柱前端氣泡排除后再將接頭擰緊。待色譜柱下端流出溶液后，在將色譜柱下端接頭擰上。（注意：接頭不能擰的太緊，防止將管路卡的太緊而造成系統壓力增大，擰的程度以不漏液為宜）
4、 使用陰離子色譜柱檢測，通流動相時注意將電流旋鈕打開，調節至70±5mA，實驗完畢，在關閉高壓泵以前將電流關閉。
5、 進樣時閥的扳動要注意，不能太快，以免損傷閥體； 也不能太慢，以免造成樣品流失。在進樣過程中，要嚴格按清洗程序操作，以減小前次樣品殘留對本次檢測的影響。
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