HPLC系統的管路流體如有氣泡生成，會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰有的甚至影響HPLC的靈敏度.如今在使用HPLC時為防止氣泡生成，主要是對色譜流動相做脫氣處理，其主要的方法如下：
1.吹氦脫氣法使用在液體中比空氣溶解度低的氦氣，在0.1Mpa壓力下，以約60ml/min流速通入流動相10-15min以驅除溶解的氣體。此法使用于所有的溶劑，脫氣效果較好，但在國內因氦氣價格較貴，本法使用較少；
2.加熱回流法此法的脫氣效果較好；
3.抽真空脫氣法此時可使用微型真空泵，降壓至0.05-0.07MPa即可除區溶解的氣體。顯然使用水泵連接抽濾瓶和G4微孔玻璃漏斗可一起完成過濾機械雜質和脫氣的雙重任務。由于抽真空會引起混合溶劑組成的變化，故此法適用于單一溶劑體系脫氣。對多元溶劑體系應預先脫氣后再進行混合，以保證混合后的比例不變。
4.超聲波脫氣法它是目前實驗室使用zui廣泛的脫氣方法，將配制好的流動相連同容器一起放入超聲波水漕中脫氣10-20min即可。該方法操作簡便，基本能滿足日常分析的要求。
5.在線真空脫氣法把真空脫氣裝置串聯到儲液系統中，并結合膜過濾器，實現了流動相在進入輸液泵前的連續真空脫氣。此法的脫氣效果明顯優于上述幾種方法，并適用于多元溶劑體系.
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