液相色譜柱的選擇直接影響了分離效果的好壞，選擇合適的色譜柱可以縮短法開發所需的時間，并且使方法更具穩定性。
液譜相色柱選擇方法和液相色譜柱選擇的簡單思路如下：
1.確定分離目的確定你的應用是否要求高分離度、短分析時間、高靈敏度、長柱壽命，低的操縱本錢等等。
2.評估分析物的化學性質評估分析物的化學性質..諸如化學結構、溶解性、穩定性等等。
3.選擇合適的色譜柱了解色譜填料的物理和化學性質。
  液相色譜柱由檢測器、高壓液體泵及液相色譜柱等三部分組成，其中液相色譜柱的正確安裝和使用，是液相色譜工作的關鍵;同時也是液相色譜工作者獲得正確且可靠的實驗數據的必經之路。
  液相色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行（出廠測試所使用的條件是正常條件），只有這樣，測得的結果才有可比性。液相色譜柱的分離作用是在填料與流動相之間進行的，柱子的分類是依據填料類型而定。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。色譜柱在使用一段時間后,常遇到柱子受污染,柱效下降的問題,采用適當的方法對色譜加以保護和再生,能夠延長色譜柱的使用壽命。