臺式大容量離心機的機械安全設計主要包括以下內容：
門鎖防護系統，采用機械和電子雙層門鎖，要求門鎖關閉后，臺式大容量離心機才能啟動，電機停止動后，才可以開蓋。
臺式大容量離心機腔體和蓋采用堅固的裝甲鋼，以防轉頭飛逸心轉頭的不平衡檢測至關重要，轉頭的不平衡會導致電機軸產生擺動，影響臺式大容量離心機壽命，嚴重時，會折斷電機軸，甚至炸頭。一般通過檢測電機軸的擺動探知不平衡，常用的方法有：機械位置開關、磁敏電阻（MSR）、超聲測距、加速度傳感等。
機械位置開關簡單實用應用廣，臺式大容量離心機采用加速度傳感器配以數據處理軟件，研制出智能不平衡識別系統，可以針對每一種轉頭的特定重量，在離心的全過程進行監控，一改以往機械位置不平衡識別系統需恨據軸的擺動距離，而且只有在加速階段才管用的缺點，使其在任何速度，甚至在高速運轉時，也能探測到哪怕是試管破裂和樣品外溢而導致的不平衡；
提高臺式大容量離心機自身的抗不平衡能力，不僅可以提高離心機的堅固性，同時由于轉頭操作時，不需嚴格的平衡，甚至目視平衡即可，因而方便了用戶操作。一般小型離心機將整個電機放在抗震的彈性支架上，如橡膠墊等，高速離心機還往往采用揉性軸抗震。將整個電機懸掛在橡膠支架上，臺式大容量離心機采用稱力“Spindie Driver”的抗震驅動系統，整個軸放在一個抗震緩沖容器中，克服了揉性軸易折、易斷的缺點，因而更結實、更耐不平衡、起制動更快（約305）；
轉頭識別系統可以自動的鑒別轉頭，限制轉頭的高轉速，有效地防止了用戶的誤操作。轉頭識別的基本原理是為每一個轉頭設*的編碼，或在每一個轉頭底部鑲嵌一定數量的小磁鐵，用霍爾傳感，或是采用光電折射環傳感，更復雜的有超聲和無線射頻轉頭認別，轉頭不用運轉即可識別，甚至連轉頭蓋是否蓋好都能探知。
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