數碼顯微鏡進行創新教育，培養學生創造性思維，并引導學生進行研究性學習是目前教學的趨勢，這也是目前新課程教材增加了許多研究性實驗的原因。但是由于普通顯微鏡使用的特殊性和個體性，傳統的鏡下觀察使學生很難得到教師的有效指導，隨著數碼顯微鏡和數碼互動教室的引入和應用，使傳統的由教師個別地手把手地教學生用顯微鏡進行微觀形態觀察的教學方法，變為師生互動的、圖像共享的、率的教學體系。
老師和學生在操作數碼顯微鏡的時候需要注意哪些呢？
一，在觀察中將聚光鏡或視場光欄開得過大或過小，或者將位置調整得過高或過低，都不能得到很好的分辨率和銳利度較佳的視場圖像。
二，40或者100倍鏡頭的工作距離通常都非常短，如果操作不當也有可能損傷高倍鏡。比如有操作者用完100X油鏡頭時不擦干凈或不擦，這些都是不好的使用習慣。
三，初學者對其基本的原理和構造了解甚少，粗暴的造作也會是顯微鏡易損的致命傷。如：經常搬動，取放時用力過猛，調焦時用力升降調焦系統，不能正確的調節焦距和瞳孔距等等。
四，將數碼顯微鏡放置在實驗室的出水口或窗戶邊，不論潮濕和灰塵都是顯微鏡的殺手，因此放置的方式和地方選擇的不對，都會極大的縮短數碼顯微鏡使用壽命。
五，實際使用中，在轉換物鏡時，經常有操作者直接轉動物鏡鏡頭，殊不知此操作會影響光軸的同軸和齊焦。正確使用方法是應轉動物鏡轉換器，得到想要的觀察物鏡。
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