雖然氣相色譜柱的種類很多，但分離效果主要取決于固定相，柱長，柱內徑和液膜厚度等因素。原則上，這幾個因素的分離效應相同。只要這柱子的幾個因素相同。
因此，研究伙伴從列中選擇以下幾個方面：
1、柱長的選擇分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件相同的情況下，需要4倍的列長度來獲得雙倍分辨率。
較短的色譜柱適用于較簡單的樣品，特別是那些由結構，極性和揮發性差異很大的組分組成的樣品。一般：15米短柱，用于快速分離更簡單的樣品，也適用于掃描分析;30m色譜柱是常用的色譜柱長度，大多數分析是在此長度的色譜柱上完成的;50米，60米或更長的長柱用于分離更復雜的樣品。應注意，柱長的增加也增加了分析時間。

2、色譜柱內徑的選擇色譜柱直徑直接影響色譜柱的效率，保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱具有更高的效率，但柱容量更小。0.25mm：高柱效和低柱容量。要將復雜樣本分開。0.32mm：柱效率略低于0.25mm，但柱容量高出約60％。0.53mm：柱容量與填充柱相似。它可用于分流注射或不分流注射。當柱容量是主要考慮因素（例如痕量分析）時，更適合選擇大直徑毛細管柱。
3、液膜厚度的選擇液膜的厚度影響柱的保持特性和柱容量。厚度增加并且保持力也增加。0.1~0.2m：液膜厚度薄的毛細管柱比厚液膜的毛細管柱快，所需柱溫低，高溫下柱損小，適合高分析沸點化合物。0.25~0.5m：普通液膜厚度。厚膜：有利于低沸點化合物的分析。
4、固定相的選擇不同固定不同分析物的不同效果，根據相似的相容性原理，性能越接近，相對于其固定的流動阻力越大，其保留時間越長。
該原理用于將不同性質的混合物彼此分離。