是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。左圖所示為的倒置生物顯微鏡型，該生物顯微鏡也是食品廠、飲用水廠辦QS、HACCP認證的檢驗設備。
作原理
折射和折射率
光線在均勻的各向同性介質中，兩點之間以直線傳播，當通過不同密度介質的透明物體時，則發生折射現象，這是由于光在不同介質的傳播速度不同成的。當與透明物面不垂直的光線由空氣射入透明物體(如玻璃)時，光線在其介面改變了方向，并和法線構成折射角。
透鏡的性能
透鏡是組成顯微鏡光學系統的zui基本的光學元件，物鏡目鏡及聚光鏡等件均由單個和多個透鏡組成。依其外形的不同，可分為凸透鏡(正透鏡)和凹透鏡(負透鏡)兩大類。
當束平行于光軸的光線通過凸透鏡后相交于點，這個點稱"焦點"，通過交點并垂直光軸的平面，稱"焦平面"。焦點有兩個，在物方空間的焦點，稱"物方焦點"，該處的焦平面，稱"物方焦平面";反之，在象方空間的焦點，稱"象方焦點"，該處的焦平面，稱"象方焦平面"。
光線通過凹透鏡后，成正立虛像，而凸透鏡則成正立實像。實像可在屏幕上顯現出來，而虛像不能。
凸透鏡的五種成象規律
⒈ 當物體位于透鏡物方二倍焦距以外時，則在象方二倍焦距以內、焦點以外形成縮小的倒立實象;
⒉ 當物體位于透鏡物方二倍焦距上時，則在象方二倍焦距上形成同樣大小的倒立實象;
⒊ 當物體位于透鏡物方二倍焦距以內，焦點以外時，則在象方二倍焦距以外形成放大的倒立實象;
⒋ 當物體位于透鏡物方焦點上時，則象方不能成象;
⒌ 當物體位于透鏡物方焦點以內時，則象方也無象的形成，而在透鏡物方的同側比物體遠的位置形成放大的直立虛象。
使用方法
將低倍物鏡的位置固定好，然后放置標本片，轉動反光鏡，調好光線，將物鏡提，向下調至看到標本，再用細調對準焦距行觀察。除少數顯微鏡外，聚光鏡的位置都要放在zui點。如果視野中出現外界物體的圖像，可以將聚光鏡稍微下降，圖像就可以消失。聚光鏡下的虹彩光圈應調到適當的大小，以控制射入光線的量，整理增加明暗差。
