De Novo單克隆抗體測(cè)序：技術(shù)解析、優(yōu)勢(shì)與應(yīng)用檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

一、什么是De Novo單克隆抗體測(cè)序？

De Novo抗體測(cè)序是指不依賴參考數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)高分辨率質(zhì)譜（LC-MS/MS）對(duì)酶解抗體肽段進(jìn)行MS/MS碎片分析，利用算法從碎片峰圖中逐步推斷氨基酸序列，并拼接出完整的單克隆抗體序列的技術(shù)。

與傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)型測(cè)序不同，De Novo測(cè)序不需要任何已知基因信息或參考序列，它wánquán從蛋白出發(fā)，向結(jié)構(gòu)還原。尤其在抗體中，zuì關(guān)鍵的區(qū)域是可變區(qū)（Variable region）中的互補(bǔ)決定區(qū)（CDR），而這些序列恰恰在公共數(shù)據(jù)庫(kù)中難以查找，因此只有De Novo測(cè)序能夠真正實(shí)現(xiàn)高變異性抗體的結(jié)構(gòu)解析。

在完整流程中，一項(xiàng)高質(zhì)量的單克隆抗體De Novo測(cè)序項(xiàng)目通常包括以下幾個(gè)步驟：

• 抗體蛋白樣本純化與質(zhì)控；

• 多酶酶解（Trypsin、Chymotrypsin等）生成高覆蓋肽段；

• 高分辨率質(zhì)譜采集肽段的碎片圖譜；

• 使用De Novo算法（如PEAKS、Novor）進(jìn)行肽段序列推斷；

• 序列拼接與完整結(jié)構(gòu)重建；

• 人工校對(duì)、修飾識(shí)別、建模比對(duì)與（可選）表達(dá)驗(yàn)證。

二、技術(shù)優(yōu)勢(shì)：為何選擇De Novo單克隆抗體測(cè)序？

1、不依賴基因，不受表達(dá)限制 許多抗體樣本（如臨床來(lái)源、動(dòng)物免疫、第三方采購(gòu)）無(wú)法獲取原始B細(xì)胞或表達(dá)載體，傳統(tǒng)基因測(cè)序方法無(wú)法開(kāi)展。De Novo測(cè)序直接從蛋白出發(fā)，無(wú)需DNA/RNA信息，是

wéiyī適用的結(jié)構(gòu)解析方式。

2、高度適應(yīng)結(jié)構(gòu)變異，覆蓋CDR等關(guān)鍵區(qū)域 抗體的可變區(qū)，尤其是CDR1~3區(qū)域，是功能位點(diǎn)的核心，但序列高度多變，幾乎難以在數(shù)據(jù)庫(kù)中找到匹配。De Novo測(cè)序基于碎片實(shí)際質(zhì)量差推斷，

天然支持新變異、新結(jié)構(gòu)識(shí)別，適合抗體工程設(shè)計(jì)與親和力改造研究。

3、可同時(shí)識(shí)別修飾信息，揭示抗體真實(shí)構(gòu)象 抗體天然具有糖基化、脫酰胺、氧化等翻譯后修飾（PTMs），而這些修飾往往決定穩(wěn)定性與功能。De Novo測(cè)序能在解析序列的同時(shí)，

同步捕捉修飾位點(diǎn)與修飾類型，揭示抗體在表達(dá)體系下的真實(shí)狀態(tài)。

4、可延伸為表達(dá)模板，用于結(jié)構(gòu)復(fù)現(xiàn) 通過(guò)序列反向設(shè)計(jì)，De Novo結(jié)果可直接轉(zhuǎn)化為cDNA模板，實(shí)現(xiàn)抗體重組表達(dá)。適用于老抗體復(fù)現(xiàn)、功能驗(yàn)證、結(jié)構(gòu)建模與zhuānlì規(guī)避設(shè)計(jì)等需求。

三、實(shí)際應(yīng)用場(chǎng)景：從科研探索到產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化

1、老抗體序列回溯

當(dāng)實(shí)驗(yàn)室已有一支功能抗體（來(lái)源未知/來(lái)源丟失），需用于重組表達(dá)或zhuānlì注冊(cè)，De Novo測(cè)序可還原完整結(jié)構(gòu)，實(shí)現(xiàn)功能性“復(fù)刻”。

2、商業(yè)抗體比對(duì)與驗(yàn)證

用于分析不同廠商生產(chǎn)的相同標(biāo)號(hào)抗體是否真正一致，是否存在突變、修飾差異或批間變異。

3、抗體藥開(kāi)發(fā)中的一致性研究

對(duì)抗體藥物在不同表達(dá)系統(tǒng)（如CHO vs HEK293）、不同工藝條件下的產(chǎn)物進(jìn)行結(jié)構(gòu)比對(duì)與一致性評(píng)估，滿足IND/BLA申報(bào)材料要求。

4、抗體zhuānlì設(shè)計(jì)與規(guī)避

基于De Novo結(jié)果識(shí)別已授權(quán)抗體藥的結(jié)構(gòu)特征，設(shè)計(jì)具有序列差異而功能相近的“繞開(kāi)型抗體”，輔助新藥研發(fā)中的IP策略規(guī)劃。

5、疫苗或免疫研究中的抗體篩選

從動(dòng)物免疫血清中，通過(guò)De Novo單克隆抗體測(cè)序挖掘出高親和抗體的關(guān)鍵CDR序列，用于重組篩選與親和力成熟。

四、百泰派克生物科技的De Novo抗體測(cè)序解決方案

在百泰派克，我們構(gòu)建了一套專注于抗體級(jí)別結(jié)構(gòu)解析的De Novo平臺(tái)，結(jié)合實(shí)驗(yàn)策略、數(shù)據(jù)處理與生物信息一體化交付，確保每一例項(xiàng)目都具備高覆蓋、高準(zhǔn)確度、高可重組性。

1、多酶并行酶解設(shè)計(jì)：提升CDR等“難覆蓋區(qū)域”識(shí)別能力；

2、雙平臺(tái)質(zhì)譜采集（Orbitrap × timsTOF）：兼顧分辨率與通量；

3、自主拼接算法 + 手工復(fù)核機(jī)制：保障序列準(zhǔn)確性；

4、修飾識(shí)別、結(jié)構(gòu)建模、差異比對(duì)等增值模塊：支持從研究到IND申報(bào)；

5、可選CHO表達(dá)驗(yàn)證服務(wù)：從蛋白到功能的閉環(huán)交付。

我們已成功為抗體藥企、研究型醫(yī)院、疫苗企業(yè)及高校課題組，完成數(shù)百例抗體結(jié)構(gòu)解析與表達(dá)項(xiàng)目，廣泛應(yīng)用于老抗體復(fù)現(xiàn)、藥物一致性比對(duì)、結(jié)構(gòu)差異分析、免疫譜篩選等任務(wù)中。

在抗體功能明確但序列未知的場(chǎng)景中，De Novo單克隆抗體測(cè)序?yàn)榻Y(jié)構(gòu)重建提供了一條切實(shí)可行、科學(xué)高效的路徑。它不止解決了“序列可得”的問(wèn)題，更幫助研究者向“結(jié)構(gòu)可控、表達(dá)可復(fù)現(xiàn)、zhuānlì可規(guī)劃”的目標(biāo)邁進(jìn)一步。如果你手中有無(wú)法追溯序列來(lái)源的抗體樣本，或者你正處于抗體表達(dá)、重構(gòu)或一致性研究階段，De Novo抗體測(cè)序都值得納入你的核心技術(shù)選項(xiàng)。歡迎聯(lián)系百泰派克技術(shù)團(tuán)隊(duì)，獲取樣本評(píng)估、項(xiàng)目方案與參考報(bào)告。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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