De Novo測(cè)序入門(mén)：原理、流程與應(yīng)用檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

一、什么是De Novo測(cè)序？

De Novo測(cè)序（From Scratch Sequencing） 是一種不依賴(lài)任何已知參考序列或數(shù)據(jù)庫(kù)，直接從實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中推斷出生物大分子（如蛋白、DNA或RNA）序列的方法。在dànbáizhì組學(xué)中，它指的是：利用高分辨率質(zhì)譜儀采集酶解多肽的MS/MS碎片數(shù)據(jù)，通過(guò)算法分析這些碎片離子，直接還原氨基酸序列，zuì終拼接出完整蛋白的一級(jí)結(jié)構(gòu)。

二、De Novo測(cè)序的技術(shù)原理

De Novo測(cè)序的核心依賴(lài)質(zhì)譜平臺(tái)，尤其是高分辨率MS/MS技術(shù)。具體過(guò)程如下：

1、蛋白酶解：將目標(biāo)蛋白用Trypsin、Chymotrypsin等酶消化為短肽段；

2、MS/MS采集：通過(guò)LC-MS/MS采集每個(gè)肽段的碎片離子譜圖（b/y離子）；

3、譜圖解析：De Novo算法識(shí)別峰值間的質(zhì)量差，逐個(gè)推斷氨基酸；

4、序列拼接：將多個(gè)肽段的結(jié)果重疊整合，構(gòu)建完整蛋白序列；

5、人工校核與建模：對(duì)關(guān)鍵區(qū)段進(jìn)行人工審閱、結(jié)構(gòu)驗(yàn)證。

該方法的關(guān)鍵在于：碎片圖譜質(zhì)量是否足夠清晰、肽段重疊是否充分、拼接邏輯是否嚴(yán)謹(jǐn)，決定了zuì終序列的準(zhǔn)確率與覆蓋度。

三、De Novo測(cè)序的標(biāo)準(zhǔn)流程

為了獲得高質(zhì)量的De Novo測(cè)序結(jié)果，通常包含以下幾個(gè)步驟：

1、樣本制備與質(zhì)量評(píng)估

接受多種形式樣本（蛋白溶液、PAGE條帶、上清等），并評(píng)估濃度、純度和背景干擾。如有需求，可進(jìn)行Protein A/G親和純化或切膠處理，確保進(jìn)入質(zhì)譜前的樣本處于理想狀態(tài)。

2、多酶酶解與肽段富集

采用Trypsin、Chymotrypsin、AspN、LysC等多種酶并行消化，生成高重疊率的肽段集合，特別針對(duì)CDR等“結(jié)構(gòu)盲區(qū)”提升覆蓋度。

3、高分辨質(zhì)譜采集

使用Orbitrap Fusion Lumos或timsTOF Pro平臺(tái)，采集多輪HCD/CID/ETD碎片譜圖，保證碎片完整性與質(zhì)量準(zhǔn)確度。

4、序列分析與拼接重建

整合PEAKS Studio、pNovo等多個(gè)De Novo算法結(jié)果，自研拼接工具進(jìn)行全長(zhǎng)序列重建，結(jié)合結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行片段歸屬識(shí)別。

5、結(jié)構(gòu)建模與表達(dá)驗(yàn)證（可選）

提供cDNA反向翻譯、結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)建模、表達(dá)模板構(gòu)建等后續(xù)服務(wù)，真正實(shí)現(xiàn)“從蛋白到功能”的閉環(huán)。

四、De Novo測(cè)序的應(yīng)用

1、無(wú)法獲得基因序列的抗體解析

常見(jiàn)于動(dòng)物免疫抗體、臨床血清抗體、已丟失表達(dá)載體的老抗體等。De Novo測(cè)序可直接從蛋白還原輕鏈/重鏈結(jié)構(gòu)，用于表達(dá)復(fù)現(xiàn)或zhuānlì設(shè)計(jì)。

2、非模式生物蛋白組研究

在中藥材、海洋生物、微生物等研究中，數(shù)據(jù)庫(kù)缺乏或注釋不全，傳統(tǒng)方法無(wú)法進(jìn)行蛋白識(shí)別，必須依賴(lài)De Novo還原序列。

3、癌癥新抗原與突變蛋白發(fā)現(xiàn)

可在不依賴(lài)基因信息的前提下識(shí)別腫瘤突變體、新融合蛋白，為個(gè)體化miǎnyìzhìliáo提供jīngzhǔn靶點(diǎn)。

4、蛋白藥一致性驗(yàn)證與修飾圖譜分析

比較不同批次、表達(dá)系統(tǒng)、工藝條件下蛋白結(jié)構(gòu)是否一致，捕捉細(xì)微突變或翻譯后修飾（PTMs）差異。

5、已知蛋白但存在結(jié)構(gòu)異構(gòu)體

當(dāng)?shù)鞍妆旧碛刑腔⒀趸⒓羟挟悩?gòu)體等，De Novo測(cè)序配合修飾分析可還原真實(shí)表達(dá)狀態(tài)，支持質(zhì)量控制與功能評(píng)價(jià)。

在生命科學(xué)邁入結(jié)構(gòu)功能深度融合的階段，De Novo測(cè)序成為連接蛋白本體與功能應(yīng)用之間的橋梁。它幫助研究人員突破數(shù)據(jù)庫(kù)限制，從蛋白直接還原全結(jié)構(gòu)信息，推動(dòng)蛋白研究從“識(shí)別”走向“復(fù)現(xiàn)”。無(wú)論你是想解析一個(gè)天然抗體的結(jié)構(gòu)、探索一個(gè)未知蛋白的功能，還是為一個(gè)蛋白藥尋找“shēnfènzhèng明”，De Novo測(cè)序都值得作為你項(xiàng)目的關(guān)鍵技術(shù)選項(xiàng)。如您正在進(jìn)行相關(guān)課題或項(xiàng)目設(shè)計(jì)，歡迎聯(lián)系百泰派克技術(shù)顧問(wèn)團(tuán)隊(duì)，我們將為您提供zhuānyè的技術(shù)咨詢(xún)與樣本評(píng)估。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線(xiàn)性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專(zhuān)有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶(hù)提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶(hù)提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿(mǎn)足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶(hù)的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

De Novo測(cè)序入門(mén)：原理、流程與應(yīng)用檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹