對生態系統呼吸進行估算的一種方法就是通過氣室來進行，（i）可以是全封閉的生態系統（例如中型實驗生態系，更小的植物群落例如草地），并對凈生態系統二氧化碳交換量NEE進行直接測量，（ii）也可以是封閉部分生態系統組成（例如葉片，土壤等）的氣室，這就需要在規模上進行額外的擴大。這兩種方法在一定環境條件下都能收到很好的效果——溫度和濕度的變化必須被降到低或者至少要記錄下來。

    VSI可以提供用于野外和實驗室內，定制式的生態系統呼吸室，它們通過各種大小的透明的聚碳酸酯（高透光性）材料板構成，通常用于溫室氣體的測量。如有需要，可提供模塊化設計，用以在植物生長過程中調整氣室的大小。每個襯圈周圍的密封，和底板（如果需要使用中型實驗生態系）的孔洞都保證了充分的氣密性。對于野外的應用，可以在氣室底部安裝金屬框架，來確保對于土壤的氣密性。通過一個或者多個可調節的（方向和風速）風扇來實現室內氣體流通，以實現室內氣體的均勻性。通風設備的大小，風速和角度都是可調的，以避免對植物和紅外氣體分析（IRGA）測量產生不良影響。VSI可以提供用于一般紅外氣體分析（IRGA）的管連接板。環境監測系統，由溫度（空氣/葉片），rH(相對濕度)監測設備組成，內/外置的光合作用有效輻射（PAR）傳感器可以基于需要進行開發。右圖的氣室（1250cm x 1250cm x 30-2000cm， W x D x H）是為Vienna大學定制的版本，用來測量不同生態系統的凈生態系統碳交換量（NEE）。其他版本的生態系統呼吸室則是帶有為使用方便和適于中型試驗生態系自動封閉放置而設置鋁支架的氣室。