化工儀器網手機版
移動端訪問更便捷
推動蛋白質組學應用 我國研究人員開發定量蛋白質組學數據分析工具
2023年09月07日 15:58:12
來源：化工儀器網 作者：宋池 點擊量：4558
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員張小飛團隊開發出定量蛋白質組學數據的下游分析與可視化工具。
【化工儀器網 項目成果】近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員張小飛團隊開發出定量蛋白質組學數據的下游分析與可視化工具。相關研究成果以DEP2: an upgraded comprehensive analysis toolkit for quantitative proteomics data為題，發表于Bioinformatics。
隨著組學技術的發展，在后基因組時代，蛋白質組學已經成為生命科學和生物醫學研究的重要手段。蛋白質組學可以對細胞和組織中的成千上萬種蛋白質進行全面的定性和定量分析，從而大規模地對蛋白質的表達水平、翻譯后修飾、蛋白質相互作用等進行研究。
蛋白質組學是蛋白質組實驗和數據分析的結合，數據分析方法對蛋白組學研究有著關鍵作用。目前定量蛋白質組學以超高分辨率液質聯用質譜為基礎，其產生的數據具有方法儀器多樣、搜庫定量軟件繁多等特點，導致下游數據的數據非常繁瑣困難。
為解決這一問題，研究團隊公布了一個可用于處理多種蛋白質組定量軟件輸入數據的R包DEP2，用于定量蛋白質組學數據下游處理、差異分析和可視化。DEP2是研究團隊之前開發的蛋白質組學數據的差異富集分析(DEP)軟件包的升級，改進了數據兼容性、可定制性和功能性等方面。
據介紹，DEP2集成肽段至蛋白重定量算法、缺失值填充方法，可用于分析肽段層面和蛋白組層面的定量蛋白質組、修飾蛋白質組數據。同時，DEP2捆綁了以模塊化搭建的shiny應用，可以無代碼方式同時處理多個蛋白質組學數據。DEP2兼容多類型上游結果，為研究人員處理蛋白質組數據提供了便利。
DEP2 的總體目標是提高蛋白質組學數據分析的效率并消除障礙。它為蛋白質組學數據集提供了一個可重復的串聯分析工作流程，包括數據處理、估算、假設檢驗、結果可視化和下游生物功能探索。研究人員已=將其開源發布在github。
合適的數據分析工具將有效提高蛋白質組分析效率，使蛋白質組學能夠更好的滿足當前生命科學和醫學發展分析蛋白質等生物大分子的需求，從而推動蛋白質組學的應用發展。
(資料來源：科學網)
相關閱讀 Related Reading
查看更多+-
超高效二維液相色譜-四級桿串聯飛行時間質譜聯用儀中標結果公告
項目名稱：遼陽石化超高效二維液相色譜-四級桿串聯飛行時間質譜聯用儀，項目編號：0720-2540zbzx0059，招標范圍：超高效...2025-05-14 11:17:19 -
項目名稱：等離子體質譜儀設備，項目編號：0664-2540SUMECA20/13，招標范圍：等離子體質譜儀設備，招標機構：蘇美達國...2025-05-14 11:04:58
-
沃特世2025年第一季度銷售額為6.62億美元，較2024年同期的6.37億美元按報告基準增長4%，按固定匯率計算增長7%。儀器銷...2025-05-14 10:04:55
-
預算470萬元 哈爾濱醫科大學采購三重四極桿型液相色譜質譜聯用儀
哈爾濱醫科大學就“學校購買三重四極桿型液相色譜質譜聯用儀”發布招標公告，預算470萬元。2025-05-14 09:40:15 -
布魯克2025年Q1收入增長11.0% 預計Q2業績將面臨關稅沖擊
2025年第一季度布魯克營收8.014億美元，較2024年同期的7.217億美元增長11.0%。中國對美商品加征125%關稅導致部...2025-05-14 08:39:32 -
項目名稱：大連院2025年國撥課題資本性項目氣相色譜-質譜聯用儀，項目編號：0712-254032502026，招標范圍：氣相色譜...2025-05-13 13:52:00
版權與免責聲明
- ①凡本網注明“來源：化工儀器網”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網絡有限公司-化工儀器網合法擁有版權或有權使用的作品，未經本網授權不得轉載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經本網授權使用作品的，應在授權范圍內使用，并注明“來源：化工儀器網”。違反上述聲明者，本網將追究其相關法律責任。
- ②本網轉載并注明自其他來源（非化工儀器網）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網贊同其觀點和對其真實性負責，不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。其他媒體、網站或個人從本網轉載時，必須保留本網注明的作品第一來源，并自負版權等法律責任。
- ③如涉及作品內容、版權等問題，請在作品發表之日起一周內與本網聯系，否則視為放棄相關權利。
